确定MI3的结合表位
确认MI3特异性结合的C3/C3b区域
利用CX-MS、ELISA、分子对接、MD模拟和cryo-EM确定MI3结合于C345C域。
Modulating the complement system through epitope-specific inhibition by complement C3 inhibitors.
包含体外生化检测(C3转化酶、C5切割、C3b沉积等)、细胞水平(溶血)、结构分析(cryo-EM、CX-MS等)和计算模拟(分子对接、MD),多层级验证不同表位抑制机制。
兔红细胞(rRBCs) 绵羊红细胞(shRBCs) HEK293-F细胞(用于蛋白表达)
MI1、MI2和MI3的C3/C3b结合表位(MG4/MG5域和C345C域) 各检测中使用的正常人血清(NHS)浓度及激活方法 MI浓度梯度及IC50数值 C3转化酶检测中FB、FD、C3等补体成分的浓度及孵育时间 溶血试验中细胞类型和红细胞致敏条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认MI3特异性结合的C3/C3b区域
利用CX-MS、ELISA、分子对接、MD模拟和cryo-EM确定MI3结合于C345C域。
评估MIs对AP和CP介导的补体级联的整体抑制效果
在rRBCs和shRBCs上进行AP和CP溶血实验,检测不同浓度MIs下的溶血率。
评估MIs对C5转化酶形成及C5切割的影响
在ELISA板上用酵母聚糖或热聚集IgG激活补体,检测C5b-9沉积。
评估MIs在C3水平上对AP和CP C3转化酶的抑制效果及路径选择性
体外组装AP和CP C3转化酶,检测C3a生成量。
评估MIs对补体激活后C3b在细胞表面沉积的抑制效果
在AP溶血后,检测rRBCs表面C3b沉积水平。
确定MIs抑制C3切割的作用环节(破坏C3底物相互作用或前转化酶形成)
在C3转化酶形成前或形成后添加MIs,比较其抑制效果。
验证MI3通过干扰FB与C3b相互作用抑制AP前转化酶形成
检测C3b和FD对FB的切割产物,以及FB竞争性抑制MI3结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白表达与纯化 | SMM 293-TII培养基 | Sinobiological | M293TII |
| 聚乙烯亚胺 | Biohub International Trade Co, Ltd | 78PEI4000 | |
| Ni-NTA琼脂糖 | Smart Life Sciences | SA004025 | |
| 补体蛋白 | 补体C3 | Complement Technology | A113 |
| 补体C3b | Complement Technology | A114 | |
| 补体因子B | Complement Technology | A135 | |
| 补体因子D | Complement Technology | A136 | |
| 补体C4b | Complement Technology | A108 | |
| 补体C2 | Complement Technology | A112 | |
| 补体C1s | Complement Technology | A104 | |
| 补体C5 | Complement Technology | A120 | |
| C3a去精氨酸 | Complement Technology | A119 | |
| 补体因子H | Complement Technology | A137 | |
| 补体因子I | Complement Technology | A138 | |
| 溶血实验 | 镁-EGTA | Complement Technology | B106 |
| GVB0缓冲液 | Complement Technology | B101 | |
| GVB++缓冲液 | Complement Technology | B100 | |
| 补体激活 | 酵母聚糖 | Complement Technology | B400 |
| ELISA | ELISA包被缓冲液 | Yuanye Bio-Technology | R20934 |
| 溶血实验 | 溶血素 | Yuanye Bio-Technology | S25861-10 |
| ELISA | 脱脂牛奶溶液 | Solarbio | LP0033B |
| ELISA终止液 | Solarbio | C1058 | |
| HRP标记抗His抗体 | Proteintech | HRP-66005 | |
| HRP标记抗VHH抗体 | GenScript | A01861 | |
| TMB底物溶液 | Tiangen | PA107 | |
| CX-MS | BS3交联剂 | Macklin | C15178241 |
| 蛋白纯化 | 重力层析柱 | Yeasen | 20523ES03 |
| Tris-HCl缓冲液 | Solarbio | A01861 | |
| 溶血实验 | 兔红细胞 | Jiulong Biopharmaceutical | JLSW-403 |
| 绵羊红细胞 | Jiulong Biopharmaceutical | JLSW-401 | |
| 补体来源 | 正常人血清 | Gemini | 100-512 |
| C3a检测 | 兔血清 | Gemini | 100-116 |
| 补体激活 | 热聚集IgG | Sigma | I4506 |
| 蛋白消化 | 胰蛋白酶 | Sigma | T8658 |
| 胰凝乳蛋白酶 | Sigma | C6423 | |
| 野生型α-裂解蛋白酶 | Cell Signaling Technology | 33036 | |
| C5切割检测 | 生物素标记抗人C5b-9抗体 | Abcam | ab237699 |
| ELISA | HRP标记链霉亲和素 | Sangon Biotech | D111054-0100 |
| 96孔酶标板 | Nest | 514201 | |
| C3a检测 | 抗C3a/C3a-desArg抗体[2991] | GeneTex | GTX54437 |
| 生物素标记抗人C3a/C3a(desArg)/C3抗体 | BioLegend | 518002 | |
| C3b沉积检测 | APC标记抗C3b抗体 | BioLegend | 846106 |
| 蛋白表达与纯化 | pCDNA3.1质粒 | General Biol | -- |
| 蛋白纯化 | GigaCap Q-650S TOSOH离子交换柱 | Tosoh Corporation | -- |
| GigaCap Q-650M TOSOH离子交换柱 | Tosoh Corporation | -- | |
| Amicon Ultra-0.5离心过滤器 | Millipore | -- | |
| SEC-HPLC系统(LC-2030) | Shimadzu | -- | |
| Zenix-C SEC-300色谱柱 | Sepax Technologies | -- | |
| 蛋白浓度测定 | Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| cryo-EM | FEI Vitrobot | FEI | -- |
| Quantifoil R 1.2/1.3金网 | Quantifoil | -- | |
| FEI Tecnai Arctica透射电子显微镜 | FEI | -- | |
| K2直接电子探测器 | Gatan | -- | |
| cryo-EM数据采集 | SerialEM软件 | -- | -- |
| cryo-EM数据处理 | MotionCor2软件 | -- | -- |
| cryoSPARC软件 | -- | -- | |
| 分子对接 | HADDOCK2.4软件 | -- | -- |
| MD模拟 | GROMACS 2020.05软件 | -- | -- |
| 结构预测 | AlphaFold3软件 | -- | -- |
| 流式细胞术 | FACScan流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 数据分析 | FlowJo软件 | Tree Star | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 溶血实验 | AP溶血使用rRBCs,CP溶血使用shRBCs致敏;NHS激活条件;MI浓度梯度;Mg-EGTA浓度;孵育时间和温度 阅读提示:Experimental procedures: Hemolysis assay |
| C5切割实验 | 包被物(酵母聚糖或热聚集IgG);NHS浓度(AP为15%,CP为5%);缓冲液(GVB-MgEGTA或GVB++);MI浓度;检测C5b-9的抗体 阅读提示:Experimental procedures: C5 cleavage assay |
| C3转化酶实验 | AP和CP中各补体成分的浓度(如C3b、FB、FD、C4b、C2、C1s);孵育时间;C3a检测方法 阅读提示:Experimental procedures: C3 convertase formation assays and C3a release detection |
| C3b沉积实验 | MI浓度(5μM);APC抗C3b抗体稀释度;孵育条件;流式细胞仪设置 阅读提示:Experimental procedures: C3b deposition assay |
| FB切割实验 | C3b和MIs的浓度;FB和FD浓度;孵育时间;SDS-PAGE条件 阅读提示:Experimental procedures: FB cleavage assay and FB competitive binding assay |