喷雾递送时突变适应的scFv76抗体可对抗SARS-CoV-2肺损伤

Spike mutation resilient scFv76 antibody counteracts SARS-CoV-2 lung damage upon aerosol delivery

作者信息Ferdinando M Milazzo, Antonio Chaves-Sanjuan, Olga Minenkova, Daniela Santapaola, Anna M Anastasi, Gianfranco Battistuzzi, Caterina Chiapparino, Antonio Rosi, Emilio Merlo Pich, Claudio Albertoni, Emanuele Marra, Laura Luberto, Cécile Viollet, Luigi G Spagnoli, Anna Riccio, Antonio Rossi, M Gabriella Santoro, Federico Ballabio, Cristina Paissoni, Carlo Camilloni, Martino Bolognesi, Rita De Santis
PMID36114671
期刊Mol Ther
发布时间2023-02-01
DOI10.1016/j.ymthe.2022.09.010

实验完整度

高

包含体外多种细胞系和假病毒/活病毒中和实验、体内hACE2转基因小鼠肺炎模型及组织病理和分子表达分析、以及冷冻电镜结构解析,多层次验证功能与机制。

主要模型

hACE2转基因小鼠(K18-hACE2)肺炎模型 Vero E6细胞 Calu-3细胞 A549-hACE2细胞

重点核对

Delta感染剂量为1x10^5 TCID50/小鼠,经鼻内感染 scFv76雾化剂量为3 mg/mL,每次2.5 mL,感染后1小时和8小时各一次,随后每天两次,共2天 中和/融合实验采用scFv76浓度范围及孵育时间 qRT-PCR检测病毒RNA,以2019-nCoV_N1基因和Rlp32为内参

摘要

全球范围内针对严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)的疫苗接种覆盖率不均衡,以及能够逃避免疫的变异株的出现,凸显了对广泛有效且易于部署的治疗制剂的需求。我们先前报道了人源单链scFv76抗体,它能够识别SARS-CoV-2 Alpha、Beta、Gamma和Delta变异株。我们现在证明scFv76也能中和Omicron BA.1和BA.2变异株的感染性和膜融合活性。冷冻电子显微镜分析显示,scFv76结合SARS-CoV-2刺突蛋白上一个高度保守的表位,这为其广谱活性提供了结构基础。我们证明,雾化的scFv76在重症hACE2转基因小鼠COVID-19肺炎模型中具有治疗效果,这一点通过体重和肺部病毒载量数据得以证实。对感染的对抗与肺部炎症的抑制相关,这一点通过组织病理学和炎性细胞因子及趋化因子的表达得以观察。在scFv76治疗的小鼠中,肺内皮损伤的生物标志物也显著降低。这些结果支持使用雾化scFv76治疗由迄今出现的任何SARS-CoV-2变异株引起的COVID-19。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
scFv76抗体是否能有效中和包括Omicron在内的SARS-CoV-2变异株,并通过雾化递送在体内控制病毒感染和减轻肺损伤?
核心机制
scFv76结合刺突蛋白RBD上保守表位,模拟ACE2结合模式,阻断病毒与ACE2结合,抑制病毒进入和细胞融合,且该表位在已知变异株中保守。
主要证据
ELISA和SPR显示scFv76与Omicron刺突结合并抑制ACE2结合;假病毒和活病毒中和实验证实其抑制感染;冷冻电镜显示其结合RBD上保守区域;体内实验显示雾化scFv76降低病毒载量和炎症因子。
研究意义
研究支持scFv76作为广谱抗SARS-CoV-2变异株的雾化治疗制剂用于COVID-19治疗,可绕过注射抗体的局限性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

评估scFv76对变异株的体外结合和中和活性

验证scFv76是否对包括Omicron在内的变异株保持结合和中和能力

通过ELISA和SPR测定scFv76与Delta和Omicron刺突蛋白的结合亲和力及抑制ACE2结合的能力;通过假病毒和活病毒中和实验测定IC50。

2

验证scFv76抑制刺突介导的细胞融合

评估scFv76能否阻止Omicron刺突介导的细胞融合

使用表达Omicron BA.1或BA.2刺突的HEK293T细胞与表达hACE2的A549细胞共培养,在存在或不存在scFv76的情况下观察合胞体形成。

3

建立SARS-CoV-2 Delta肺炎小鼠模型并评估雾化scFv76的治疗效果

在体内评估雾化递送scFv76对Delta感染的治疗效果

K18-hACE2转基因小鼠经鼻内感染SARS-CoV-2 Delta株,随后通过雾化给予scFv76或PBS,监测体重变化,并在感染后第4天检测肺和鼻甲中的病毒载量、组织病理及炎症因子表达。

4

解析scFv76与刺突蛋白复合物的冷冻电镜结构

从分子层面解释scFv76的广谱中和机制

将纯化的SARS-CoV-2刺突蛋白与scFv76孵育后制备冷冻样品,进行单颗粒冷冻电镜数据采集和处理,得到复合物结构,并分析抗原-抗体相互作用界面。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Nunc MaxiSorp板Thermo Fisher Scientific--
SARS-CoV-2 spike1 B.1.617.2(Delta)蛋白(His标签)Sino Biological--
SARS-CoV-2 S1+S2三聚体B.1.1.529(Omicron)蛋白(ECD, His标签)Sino Biological--
SARS-CoV-2三聚体BA.2(Omicron)蛋白His标签Acro Biosystems--
人ACE2蛋白小鼠Fc标签Sino Biological--
抗小鼠Fc-碱性磷酸酶偶联物Sigma-Aldrich--
Sunrise Tecan分光光度计Tecan--
Biacore T200仪器Cytiva--
Series S传感器芯片NTACytiva--
HBS-P+缓冲液Cytiva--
HBS-EP+缓冲液Cytiva--
BIAevaluation 3.2软件Cytiva--
MEM培养基----
Macherey Nagel病毒RNA提取试剂盒Macherey Nagel--
QuantStudio 7实时PCR系统Applied Biosystems--
Bright-Glo荧光素酶检测系统试剂盒Promega--
微孔板发光检测仪Wallac-PerkinElmer--
Lipofectamine 2000转染试剂Invitrogen, Thermo Fisher Scientific--
Carl Zeiss Axio Observer倒置显微镜Carl Zeiss--
Aerogen Pro网式雾化器Aerogen--
gentleMACS Octo组织处理器Miltenyi--
Trizol试剂Invitrogen--
ReliaPrep RNA组织小提柱PromegaZ6111
TaqMan Fast Virus 1 Step PCR预混液Applied Biosystems--
2019_nCOV_N阳性对照Integrated DNA Technologies--
SuperScript IV VILO预混液Invitrogen, Thermo Fisher Scientific--
TaqMan Fast Advanced预混液Applied Biosystems (Thermo Fisher Scientific)--
7900HT序列检测系统Applied Biosystems--
Nikon Eclipse 80i显微镜Nikon--
Quantifoil R1.2/1.3 300目铜网Quantifoil--
GloQube系统Quorum Technologies--
Vitrobot Mk IVThermo Fisher Scientific--
Talos ArcticaThermo Fisher Scientific--
Falcon 3直接电子探测器Thermo Fisher Scientific--
EPU-2.8自动数据采集软件Thermo Fisher Scientific--
Schrödinger Maestro Bioluminate套件Schrödinger--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体外结合和中和实验
重组刺突蛋白的浓度、来源和批号;SPR固定水平和流速;细胞系和MOI;病毒株信息
阅读提示:Materials and methods: Spike/ACE2 binding competition; SPR; Virus neutralization in Calu-3 cells; Microneutralization assay
细胞融合实验
转染试剂和用量;scFv76浓度和孵育时间;融合定量方法
阅读提示:Materials and methods: Cell-cell fusion assay
动物实验
小鼠品系、性别和年龄;感染剂量和途径;scFv76浓度、体积和给药时间表;雾化器型号和参数;安乐死时间点
阅读提示:Materials and methods: In vivo pharmacological evaluation of nebulized scFv76 in a model of SARS-CoV-2 Delta pulmonary infection; Figure 2A
组织病理学和基因表达分析
肺灌注和固定方法;切片厚度;评分标准;RNA提取方法;引物和探针序列;内参基因
阅读提示:Materials and methods: Histopathological analysis; qRT-PCR for viral copy quantification and gene expression analysis
冷冻电镜结构解析
蛋白浓度和孵育条件;冷冻制样参数;电镜型号和参数;数据处理软件版本和参数;分辨率判断标准
阅读提示:Materials and methods: Electron microscopy sample preparation; EM data collection and image processing