相分离作为剂量敏感性的可能机制

Phase separation as a possible mechanism for dosage sensitivity

作者信息Liang Yang, Jiali Lyu, Xi Li, Gaigai Guo, Xueya Zhou, Taoyu Chen, Yi Lin, Tingting Li
PMID38225666
发布时间2024-01-15
DOI10.1186/s13059-023-03128-z

实验完整度

高

包含体外相分离实验、细胞实验(免疫荧光、敲低/敲除)、多组学数据分析及功能恢复实验,具有多个独立证据层级。

主要模型

体外重组蛋白相分离体系 HEK 293T细胞(SOX2敲低、PQBP1敲除) HeLa细胞(PAX6敲低)

重点核对

HNRNPK、PQBP1、PAX6等重组蛋白的相分离条件(盐浓度、蛋白浓度) SOX2/PAX6杂合敲低细胞系中puncta数量与荧光强度(与野生型比较) PQBP1截短突变体(p.Arg260*, p.Arg214fs, p.Glu183fs, p.Arg155*, p.Arg142*)的相分离能力 FUS-SOX2(1-128)嵌合蛋白对SOX2敲低细胞转录活性的恢复效果 DosPS预测器在独立测试集上的AUC性能(0.8256)

摘要

背景 单倍剂量不足基因的缺失或三倍敏感基因的重复会导致浓度依赖性的表型效应,而这些剂量敏感效应的机制仍然难以捉摸。相分离以浓度依赖的方式驱动生物分子的功能区室化,这暗示了这两个过程之间可能存在联系,值得进一步系统研究。 结果 在此,我们提供了生物信息学和实验证据,表明相分离与剂量敏感性之间存在密切关联。我们首先证明,单倍剂量不足或三倍敏感基因产物具有更高的相分离倾向。通过实验评估公认的剂量敏感基因HNRNPK、PAX6和PQBP1,我们表明这些蛋白质会发生相分离。关键的是,剂量敏感基因中的致病变异会通过降低蛋白质水平或丢失相分离倾向区域来扰乱相分离过程。多组学数据的分析进一步表明,相分离基因的功能缺失遗传扰动会导致与剂量敏感基因扰动相似的功能障碍表型。此外,基于群体遗传学数据得出的剂量敏感评分预测相分离蛋白的性能远优于现有的基于序列的预测器,进一步说明这两个参数之间的密切联系。 结论 总之,我们的研究表明相分离与剂量敏感性在功能上相关,并为从群体遗传学数据角度预测相分离蛋白提供了新的见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
剂量敏感基因产物是否具有更高的相分离倾向,以及相分离是否构成剂量敏感性的潜在机制。
核心机制
剂量敏感基因产物通过浓度依赖的相分离过程发挥功能;单倍剂量不足或功能缺失突变导致蛋白浓度降低或相分离区域丢失,从而扰乱相分离,引发功能异常。
主要证据
生物信息学分析显示剂量敏感基因产物具有较高相分离评分;体外实验证明HNRNPK、PQBP1、PAX6等发生相分离;细胞实验显示杂合敲低SOX2或PAX6减少核内puncta;PQBP1截短突变导致相分离能力下降;FUS-SOX2(1-128)恢复SOX2转录活性。
研究意义
提出相分离作为剂量敏感性的潜在机制,并为从群体遗传学数据预测相分离蛋白提供新方法。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

剂量敏感基因产物相分离倾向分析

验证剂量敏感基因产物是否具有较高相分离倾向。

使用SaPS等预测器计算人类蛋白质组及剂量敏感基因的相分离评分,并进行相关性分析。

2

体外验证剂量敏感蛋白相分离能力

验证HNRNPK、PQBP1、PAX6蛋白是否发生相分离。

纯化重组蛋白,在不同盐浓度下观察液滴形成,并通过FRAP检测流动性。

3

细胞内核凝物检测

验证内源剂量敏感蛋白在细胞中是否形成凝聚物。

对野生型细胞进行免疫荧光染色,观察PQBP1、HNRNPK、PAX6的puncta形成。

4

杂合敲低细胞系中相分离变化

模拟单倍剂量不足,检测SOX2或PAX6杂合敲低对相分离的影响。

利用CRISPR-Cas9构建SOX2或PAX6杂合敲低细胞系,通过免疫荧光检测puncta数量及荧光强度。

5

NMD逃逸突变对相分离的影响

验证截短突变导致的相分离区域丢失是否影响相分离能力。

使用TruncPS预测NMD逃逸突变的相分离影响,并在体外和细胞内验证SOX2和PQBP1突变体的相分离行为。

6

功能恢复实验

评估恢复相分离能力是否能挽救SOX2敲低带来的转录功能缺陷。

在SOX2敲低细胞中表达FUS-SOX2(1-128)嵌合蛋白,检测其转录活性和靶基因表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Gibco--
胎牛血清----
青霉素和链霉素Hyclone--
Lipofectamine 3000转染试剂Thermo Fisher ScientificL3000008
Lipofectamine 2000转染试剂Thermo Fisher Scientific11668027
Ni2+-NTA树脂----
Amicon Ultra超滤管Millipore--
HiTrap Q阴离子交换柱Cytiva--
Alexa Fluor 488荧光染料Thermo Fisher--
DAPI染料----
Hoechst染料----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体外相分离实验
蛋白浓度、NaCl浓度、缓冲液成分(如Tris-HCl, pH)
阅读提示:Methods: Phase-separated droplet formation
细胞培养与转染
细胞系(HEK 293T, HeLa)、培养基、转染试剂及用量
阅读提示:Methods: Cell lines, chemical reagents, and antibodies; Cell culture and transfection
杂合敲低/敲除细胞系构建
sgRNA序列、靶向外显子、转染方法
阅读提示:Methods: Generation of heterozygous knockdown or knockout cell lines
免疫荧光与成像
抗体稀释比例、固定/透化条件、成像设备及参数
阅读提示:Methods: Cell immunofluorescence staining
相分离能力量化
puncta量化算法(CellProfiler参数)、荧光强度归一化方法
阅读提示:Methods: Quantification of Puncta in cells