剂量敏感基因产物相分离倾向分析
验证剂量敏感基因产物是否具有较高相分离倾向。
使用SaPS等预测器计算人类蛋白质组及剂量敏感基因的相分离评分,并进行相关性分析。
Phase separation as a possible mechanism for dosage sensitivity
包含体外相分离实验、细胞实验(免疫荧光、敲低/敲除)、多组学数据分析及功能恢复实验,具有多个独立证据层级。
体外重组蛋白相分离体系 HEK 293T细胞(SOX2敲低、PQBP1敲除) HeLa细胞(PAX6敲低)
HNRNPK、PQBP1、PAX6等重组蛋白的相分离条件(盐浓度、蛋白浓度) SOX2/PAX6杂合敲低细胞系中puncta数量与荧光强度(与野生型比较) PQBP1截短突变体(p.Arg260*, p.Arg214fs, p.Glu183fs, p.Arg155*, p.Arg142*)的相分离能力 FUS-SOX2(1-128)嵌合蛋白对SOX2敲低细胞转录活性的恢复效果 DosPS预测器在独立测试集上的AUC性能(0.8256)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证剂量敏感基因产物是否具有较高相分离倾向。
使用SaPS等预测器计算人类蛋白质组及剂量敏感基因的相分离评分,并进行相关性分析。
验证HNRNPK、PQBP1、PAX6蛋白是否发生相分离。
纯化重组蛋白,在不同盐浓度下观察液滴形成,并通过FRAP检测流动性。
验证内源剂量敏感蛋白在细胞中是否形成凝聚物。
对野生型细胞进行免疫荧光染色,观察PQBP1、HNRNPK、PAX6的puncta形成。
模拟单倍剂量不足,检测SOX2或PAX6杂合敲低对相分离的影响。
利用CRISPR-Cas9构建SOX2或PAX6杂合敲低细胞系,通过免疫荧光检测puncta数量及荧光强度。
验证截短突变导致的相分离区域丢失是否影响相分离能力。
使用TruncPS预测NMD逃逸突变的相分离影响,并在体外和细胞内验证SOX2和PQBP1突变体的相分离行为。
评估恢复相分离能力是否能挽救SOX2敲低带来的转录功能缺陷。
在SOX2敲低细胞中表达FUS-SOX2(1-128)嵌合蛋白,检测其转录活性和靶基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Hyclone | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000008 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668027 | |
| 蛋白纯化 | Ni2+-NTA树脂 | -- | -- |
| Amicon Ultra超滤管 | Millipore | -- | |
| HiTrap Q阴离子交换柱 | Cytiva | -- | |
| 蛋白标记 | Alexa Fluor 488荧光染料 | Thermo Fisher | -- |
| 荧光成像 | DAPI染料 | -- | -- |
| Hoechst染料 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外相分离实验 | 蛋白浓度、NaCl浓度、缓冲液成分(如Tris-HCl, pH) 阅读提示:Methods: Phase-separated droplet formation |
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HEK 293T, HeLa)、培养基、转染试剂及用量 阅读提示:Methods: Cell lines, chemical reagents, and antibodies; Cell culture and transfection |
| 杂合敲低/敲除细胞系构建 | sgRNA序列、靶向外显子、转染方法 阅读提示:Methods: Generation of heterozygous knockdown or knockout cell lines |
| 免疫荧光与成像 | 抗体稀释比例、固定/透化条件、成像设备及参数 阅读提示:Methods: Cell immunofluorescence staining |
| 相分离能力量化 | puncta量化算法(CellProfiler参数)、荧光强度归一化方法 阅读提示:Methods: Quantification of Puncta in cells |