患者纳入与分组
收集符合标准的原发性CDI患儿,并根据疾病是否复发进行分组。
前瞻性纳入了84名儿童原发性CDI患者,根据随访结果分为非复发组(58例)和复发组(26例)。
Gut Microbial and Metabolic Features Associated With Clostridioides difficile Infection Recurrence in Children
包含前瞻性队列、16S rRNA测序和靶向代谢组学分析,进行了菌群多样性和代谢物差异比较及相关性分析,但缺乏功能验证和机制实验。
84例儿童原发性CDI患者粪便样本 复发和非复发队列
患者分组:复发组(26例)与非复发组(58例) 粪便样本采集时间:初次诊断时,抗生素治疗前 16S rRNA基因测序:V3-V4区,引物341F/806R 靶向代谢组学:UPLC-MS/MS分析粪便代谢物 统计分析:Wilcoxon秩和检验,PERMANOVA,LEfSe,PLS-DA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集符合标准的原发性CDI患儿,并根据疾病是否复发进行分组。
前瞻性纳入了84名儿童原发性CDI患者,根据随访结果分为非复发组(58例)和复发组(26例)。
获取用于微生物和代谢分析的粪便样本。
在初次诊断时、抗生素治疗前收集粪便样本,储存于-80°C。
比较复发与非复发患者肠道菌群的组成和多样性差异。
提取粪便DNA,扩增16S rRNA V3-V4区,进行Illumina NovaSeq测序,分析α多样性、β多样性及差异菌群。
比较复发与非复发患者粪便代谢物的差异。
对粪便样本进行靶向代谢组学分析,检测并定量多种代谢物,包括SCFAs、胆汁酸等,使用UPLC-MS/MS系统。
探索差异菌群与差异代谢物之间的关联。
使用Spearman秩相关分析评估差异细菌属与差异代谢物的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp DNA粪便迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| DNA定量 | NanoDrop ND-1000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 文库构建 | TruSeq Nano DNA LT文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 文库质量评估 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 16S rRNA测序 | Illumina NovaSeq平台 | Illumina | -- |
| 代谢物检测 | ACQUITY UPLC-Xevo TQ-S | Waters | -- |
| 代谢组数据处理 | TMBQ软件 | Metabo-Profile | -- |
| 代谢组统计分析 | iMAP | Metabo-Profile | -- |
| 统计分析 | SPSS软件版本25.0 | IBM | -- |
| 测序数据处理 | FastQC | Babraham Bioinformatics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者纳入 | 纳入标准为年龄<16岁、诊断为原发性非复杂性CDI,排除标准为合并其他胃肠道疾病等;需核对具体定义和样本量(84例)。 阅读提示:参见Materials and Methods中的Study Design部分 |
| 粪便样本采集 | 采集时间点为初次诊断时且抗生素治疗前;储存条件为-80°C。 阅读提示:参见Materials and Methods中的Study Design部分 |
| 16S rRNA测序 | 扩增区域V3-V4,引物341F/806R;文库构建试剂盒;测序平台;生物信息学流程(QIIME2、DADA2、Greengenes)。 阅读提示:参见Materials and Methods中的DNA Extraction and 16S rRNA Sequencing及Sequencing Data Processing and Analysis部分 |
| 代谢组学分析 | 样本量(5mg冻干粪便)、衍生化步骤、UPLC-MS/MS条件(流速0.4mL/min)、数据处理软件(TMBQ、iMAP)、统计分析(VIP>1, P<.05)。 阅读提示:参见Materials and Methods中的Quantification of Fecal Metabolites部分 |
| 统计与复发定义 | 复发定义为症状发作且检测阳性,需核对具体时间范围(2-8周);统计方法(Wilcoxon秩和检验、PERMANOVA等)。 阅读提示:参见Materials and Methods中的Statistical Analyses部分及引言中的复发定义 |