Proteomic Profiling of Lymph Nodes Differentiates Classic Hodgkin Lymphoma With and Without Skeletal Involvement
研究包含蛋白质组学发现队列和免疫组化验证队列，并进行了功能通路分析，但缺乏体内或体外功能实验验证。
CHL患者淋巴结活检组织（FFPE） 蛋白发现队列（78例） 蛋白评估队列（193例）
CHL患者诊断性淋巴结FFPE样本 分组依据：FDG-PET/CT扫描显示骨骼受累（s-CHL）或仅有淋巴结受累（n-CHL） 蛋白质组学分析采用nLC-MS/MS，差异蛋白筛选标准为p<0.05且倍数变化>25% IHC验证在组织微阵列上进行，使用数字图像分析定量 统计分析使用Fisher精确检验、Mann-Whitney U检验等
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集CHL患者的诊断性淋巴结FFPE样本，并根据PET/CT结果分为骨骼受累组和仅淋巴结受累组。
从丹麦奥胡斯大学医院2009-2018年间诊断的CHL患者中，选取具有足够诊断性淋巴结切除活检组织的FFPE样本，由血液病理学家复核诊断。共纳入78例患者的样本用于蛋白质组学发现队列（其中s-CHL 19例，n-CHL 50例，另有9例因其他原因被排除），以及193例患者的样本用于IHC验证队列（其中s-CHL 27例，n-CHL 166例）。根据PET/CT是否存在FDG-avid骨病灶确定骨骼受累。
通过nLC-MS/MS鉴定s-CHL和n-CHL之间差异表达的蛋白质，并探索相关生物学通路。
从FFPE组织中提取蛋白质，酶解成肽段，使用nLC-MS/MS进行分析（LFQ定量）。比较s-CHL和n-CHL的蛋白质表达，确定差异表达蛋白（p<0.05，FC>25%）。使用StringApp和IPA进行通路富集分析。
在独立队列中验证候选蛋白（ACE、CALR、CD81、ICAM3、ITGAX）的差异表达。
在组织微阵列（TMA）上进行IHC染色，使用数字图像分析定量面积分数（AFs），比较s-CHL和n-CHL之间的表达差异。
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组学分析 | 纳升高压液相色谱-串联质谱 | -- | -- |
| Orbitrap Fusion Tribrid质谱仪 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 福尔马林固定石蜡包埋组织 | -- | -- |
| 生物信息学 | Cytoscape | -- | -- |
| 独创性通路分析 | QIAGEN Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | 诊断性FFPE淋巴结活检组织；分组依据为PET/CT骨病灶；发现队列78例，验证队列193例。 阅读提示：参见方法部分（2.1 患者样本） |
| 蛋白质组学分析 | 蛋白质提取和酶解方法、LC-MS/MS参数、LFQ定量、差异蛋白筛选阈值（p<0.05，FC>25%）。 阅读提示：参见方法部分（2.2）和补充方法 |
| 免疫组织化学验证 | 抗体种类及稀释比例、抗原修复条件、TMA构建、数字图像分析定量AF的阈值。 阅读提示：参见补充方法及表S1 |
| 统计分析 | 统计检验方法（Fisher精确检验、Mann-Whitney U检验、Spearman秩检验），显著性水平p<0.05。 阅读提示：参见方法部分（2.4 统计分析） |
