利用远程标本采集策略进行未观察自采鼻拭子SARS-CoV-2 RT-PCR检测的性能评估

Performance of Unobserved Self-Collected Nasal Swabs for Detection of SARS-CoV-2 by RT-PCR Utilizing a Remote Specimen Collection Strategy

作者信息Ron M Kagan, Amy A Rogers, Gwynngelle A Borillo, Nigel J Clarke, Elizabeth M Marlowe
PMID33954224
发布时间2021-01-28
DOI10.1093/ofid/ofab039

实验完整度

中

研究为回顾性队列分析,包含单组自采标本的RT-PCR检测,以及与医护人员采集标本的Ct值比较,但缺乏功能验证或机制验证。

主要模型

返岗员工自采鼻拭子标本队列 医护人员采集标本队列

重点核对

自采前鼻拭子由未观察的参与者自行采集 使用Quest Diagnostics EUA SARS-CoV-2 RT-PCR检测N1和N3靶标 Ct值阳性判定标准为N1和N3均<40循环 混合检测池大小为4份标本

摘要

背景:采用远程标本采集策略,使用为未观察自采设计的试剂盒进行严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测,可减少个人防护设备(PPE)的使用和暴露风险。为了评估未观察自采标本对检测性能的影响,我们检查了参加返岗筛查项目的参与者自采标本的SARS-CoV-2定性RT-PCR检测结果,并评估了该队列中混合检测策略的影响。方法:使用Quest Diagnostics紧急使用授权SARS-CoV-2 RT-PCR检测返岗员工项目中的自采前鼻拭子。记录N1和N3 N基因靶标以及人核糖核酸酶P(RP)基因对照靶标的循环阈值(Ct)值。作为比较,我们使用了来自有和无COVID-19症状患者的医护人员采集标本队列的Ct值。结果:在47923名参与者中,1.8%为阳性。RP未扩增的标本为13/115435(0.011%)。N1和N3的中位(四分位距)Ct值分别为32.7(25.0-35.7)和31.3(23.8-34.2)。自采队列的中位Ct值显著高于有症状但无症状患者。基于Ct值,4份标本的混合检测会在1268份标本中产生67份(5.2%)不确定结果,但仅1份假阴性结果。结论:未观察自采鼻拭子为SARS-CoV-2 RT-PCR检测提供了充分的采样。这些发现缓解了对该背景下假阴性增加的担忧。对于该人群可采用标本混合检测,因为使用敏感的双靶标方法时假阴性结果的可能性非常低。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
评估未观察自采鼻拭子用于SARS-CoV-2 RT-PCR检测是否影响检测性能,以及混合检测策略是否可行。
核心机制
未观察自采鼻拭子可提供充分采样,RP对照Ct值低且变异性小,表明采样充足;混合检测的假阴性率低归因于使用包含更敏感N3靶标的双靶标RT-PCR系统。
主要证据
115435份自采标本中,RP中位Ct值为23.0-23.4,99.5%小于30;阳性率1.8%,N1和N3中位Ct值分别为32.7和31.3;混合检测估计仅1例假阴性。
研究意义
研究表明未观察自采鼻拭子可用于SARS-CoV-2筛查,不会增加假阴性风险,并能节约PPE和降低传播风险;混合检测策略适用于低患病率人群,可提高检测效率。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

自采标本采集与检测

评估未观察自采鼻拭子标本在SARS-CoV-2 RT-PCR检测中的适用性和检测性能。

将自采鼻拭子试剂盒邮寄给参与者,参与者按说明自采双侧鼻拭子并寄回实验室,使用Quest Diagnostics EUA SARS-CoV-2 RT-PCR进行单次检测。

2

Ct值分布与比较

比较自采标本与医护人员采集标本的Ct值差异,评估检测性能。

记录自采标本的N1和N3 Ct值,并与同期医护人员采集标本(包括有症状和无症状患者)的Ct值进行比较,同时分析RP对照Ct值。

3

混合检测模拟评估

评估将自采标本进行4标本混合检测对假阴性率的影响。

基于已知的混合检测Ct偏移(N1偏移2.4,N3偏移1.9),计算池化后阳性判定阈值(40减去偏移),评估自采阳性标本中低于阈值的比例。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
未观察自采试剂盒Quest Diagnostics--
Quest Diagnostics SARS-CoV-2 RT-PCR检测Quest Diagnostics--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
标本采集与送检
自采鼻拭子为未观察自采,采集双侧鼻拭子,通过FedEx邮寄回实验室
阅读提示:Methods部分
RT-PCR检测
检测靶标N1和N3,Ct值判定标准(<40为阳性,≥40为阴性,单个<40为不确定)
阅读提示:Methods部分
混合检测模拟
池大小4份,Ct偏移值N1为2.4、N3为1.9,池化阈值N1为37.6、N3为38.1
阅读提示:Methods部分及Results部分