样本采集
收集慢性下背痛患者和对照的中段尿样本以进行分析。
参与者提供中段尿样本,保存在-80°C直到处理。
Not All Microbiomes Reflect Chronic Pain: Evidence from the Urinary Tract in a Case-Control Study
研究包括明确的人群样本采集、16S rRNA基因测序和多种生物信息学及统计分析,但缺乏功能验证或机制验证,且样本量较小。
慢性下背痛患者(中段尿样本) 无痛对照(中段尿样本)
中段尿样本收集方法 16S rRNA基因V4区测序 样本量(每组10例) 测序深度调整
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集慢性下背痛患者和对照的中段尿样本以进行分析。
参与者提供中段尿样本,保存在-80°C直到处理。
提取微生物DNA并扩增16S rRNA基因V4区以表征微生物群落。
使用ZymoBIOMICS Spike-in Control I和Maxwell RSC Fecal Microbiome DNA Kit提取DNA,然后进行16S rRNA基因V4区测序。
处理测序数据并评估微生物多样性和差异丰度。
使用nf-core/ampliseq和DADA2处理序列数据,进行α多样性、β多样性和差异丰度分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | eNAT管 | -- | -- |
| ZymoBIOMICS加标对照I | Zymo Research | -- | |
| ZR BashingBead裂解管 | Zymo Research | -- | |
| Maxwell RSC粪便微生物组DNA试剂盒 | Promega | -- | |
| DNA定量 | QuantiFluor One双链DNA定量系统 | Promega | -- |
| Qubit荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 16S rRNA基因测序 | Illumina MiSeq平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 中段尿样本收集方法;样本量每组10例 阅读提示:Methods 2.4 |
| DNA提取 | 使用ZymoBIOMICS Spike-in Control I(20 μL)和ZR BashingBead裂解管;使用Maxwell RSC Fecal Microbiome DNA Kit 阅读提示:Methods 2.5 |
| 测序 | 使用Illumina MiSeq平台,V4区引物515F/806R,配对末端2×300 bp 阅读提示:Methods 2.6 |
| 生物信息学与统计分析 | 使用nf-core/ampliseq 2.14.0和DADA2;α多样性使用深度调整模型;β多样性使用PERMANOVA;差异丰度使用ANCOM-BC2 阅读提示:Methods 2.7 and 2.8 |