SpaNiche：用于探索空间转录组数据中共定位模式和细胞相互作用的空间生态位分析

我们提出了一个用于空间转录组数据中空间生态位分析（SpaNiche）的计算框架，以揭示共定位模式并推断潜在的配体-受体相互作用。SpaNiche利用图正则化联合非负矩阵分解整合细胞丰度和配体-受体表达信息，识别细胞类型间的空间共定位模式，同时提供相关的配体-受体相互作用见解。此外，SpaNiche采用共识聚类定义“生态型”，增强了其在多样本空间转录组数据集中的实用性。我们研究了结直肠癌、前列腺癌和早期阿尔茨海默病大脑皮层中的微环境生态型，突出了其在剖析空间组织微环境中复杂共定位模式的广泛适用性。