病毒检测与分型
确认患者和供者样本中HAdV的存在及血清型。
对患者血清、粪便、鼻咽拭子及供者和患者的肾活检组织进行HAdV rPCR、PCR扩增和六邻体基因测序;部分分离株进行WGS。
Human Adenovirus 11 in 2 Renal Transplant Recipients: Suspected Donor-Derived Infection
病例报告,包含临床观察、病毒鉴定(WGS)及治疗干预,但缺乏系统性实验验证。
2例肾移植受者 A549细胞(病毒分离) FFPE肾活检组织
两株HAdV-11分离株的核苷酸序列同源性为100% 血清HAdV rPCR阳性,Ct值分别为24.5(患者1)和37.0(患者2) 肾活检组织PCR阳性,IHC染色在患者2阳性而患者1阴性 布林西多福韦治疗,患者1于POD36开始,患者2于POD47开始 随访至POD102和POD123(患者1)及POD102和POD116(患者2)的血清HAdV rPCR结果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认患者和供者样本中HAdV的存在及血清型。
对患者血清、粪便、鼻咽拭子及供者和患者的肾活检组织进行HAdV rPCR、PCR扩增和六邻体基因测序;部分分离株进行WGS。
比较两个患者分离株的遗传相似性以支持供者来源。
对患者1粪便和患者2鼻咽拭子的病毒分离株进行全基因组测序,并与GenBank序列比对。
记录患者的临床表现、病程和对布林西多福韦治疗的反应。
回顾两位患者的病历,记录症状、实验室检查、肾活检结果和药物干预。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 核酸提取 | NucliSENS easyMAG | BioMerieux | -- |
| 组织DNA提取 | QIAamp DNA 小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| 测序分析 | Geneious 10.0.9 | Biomatters | -- |
| 药物治疗 | 布林西多福韦 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病毒检测 | 实时PCR和PCR方法;六邻体基因测序;全基因组测序 阅读提示:Methods 部分,特别是“HAdV identification”段落 |
| 病毒分离 | A549细胞系;样本类型;培养条件 阅读提示:Methods 部分,提到病毒分离和测序的段落 |
| 组织学 | 免疫组化抗体的使用;组织样本固定和包埋方法 阅读提示:Figure 1 legend和Methods中组织处理部分 |
| 临床治疗 | 布林西多福韦剂量和给药方案(来自临床试验),治疗时机和持续时间 阅读提示:临床病程部分和Discussion中提及的临床试验NCT02596997 |