研究队列建立与样本收集
建立足月与早产产妇队列,并在两个哺乳阶段收集配对乳汁样本,以评估纵向变化。
从2020年10月至2021年11月,在新生儿重症监护室招募20名足月产妇(37-42周)和20名早产产妇(<32周)。所有母亲在产后≤10天和第5周提供配对乳汁样本,每次使用电动吸奶器(Medela Symphony)采集10分钟,取5 mL乳汁并立即储存于-80°C。
Dynamic Remodeling of the Human Milk Serum Proteome Across Lactation: A Paired Two-Stage DIA Proteomic Study in Term and Preterm Mothers
研究包含明确的纵向配对设计、DIA质谱定量和通路富集分析,但未进行时点-分组交互检验,样本量较小,仅两个时间点,缺乏功能验证实验。
足月产妇乳汁样本(n=20) 早产产妇乳汁样本(<32周,n=20)
配对乳汁样本采集时间:产后≤10天和第5周 分组:足月(37-42周)与早产(<32周) 样本量:每组20例 DIA质谱分析:TripleTOF 6600+,SWATH采集 差异蛋白筛选标准:q<0.05且|倍数变化|>1.5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立足月与早产产妇队列,并在两个哺乳阶段收集配对乳汁样本,以评估纵向变化。
从2020年10月至2021年11月,在新生儿重症监护室招募20名足月产妇(37-42周)和20名早产产妇(<32周)。所有母亲在产后≤10天和第5周提供配对乳汁样本,每次使用电动吸奶器(Medela Symphony)采集10分钟,取5 mL乳汁并立即储存于-80°C。
去除乳汁中的脂质和酪蛋白胶束,获得澄清的乳汁血清用于蛋白质组分析。
冷冻样本室温解冻后,1500×g离心10分钟去除上层脂质,取上清再进行100,000×g超速离心90分钟(4°C),收集澄清的乳汁血清。
从乳汁血清中提取总蛋白并进行酶解,为质谱分析准备肽段。
20 μL乳汁样本与80 μL裂解缓冲液(2.5% SDS,60 mM DTT,0.1 M Tris-HCl pH 7.6)混合,95°C孵育5分钟,14000×g离心30分钟。取70 μg总蛋白转移至Microcon-30 kDa离心过滤器,用8 M尿素变性,采用FASP方法以胰蛋白酶和赖氨酰内肽酶酶解。肽段脱盐后上样。
使用数据非依赖性采集质谱定量乳汁血清蛋白质组。
1 μg肽段注入nanoEase M/Z Peptide BEH C18色谱柱,经反相纳米色谱分离,在TripleTOF 6600+质谱仪上以DIA模式分析。采集全扫描(400-1250 Da)和100个SWATH MS/MS扫描,窗口6-90 Da。数据经Spectronaut 20处理,1% FDR过滤。
识别每个队列中与阶段相关的差异丰度蛋白,并评估共享与队列特异性通路。
对两组分别进行双样本t检验,Storey FDR校正(q<0.05),且|倍数变化|>1.5,鉴定差异蛋白。使用ClueGO在Cytoscape中进行通路富集。比较两组差异蛋白的重叠情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 乳汁采集 | 美德乐心韵吸奶器 | Medela AG | -- |
| 乳汁血清分离 | 贝克曼L-60超速离心机 | Beckman Coulter | -- |
| 蛋白质提取 | Microcon-30 kDa离心过滤装置 | Merck | -- |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| 内肽酶Lys-C | -- | -- | |
| 肽段脱盐 | 96孔MiniSpin C18柱 | Harvard Apparatus | -- |
| 液相色谱分离 | nanoEase M/Z Peptide BEH C18色谱柱 | Waters | -- |
| nanoEase M/Z Symmetry C18捕集柱 | Waters | -- | |
| 质谱分析 | TripleTOF 6600+质谱仪 | Sciex | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 采样时间点(产后≤10天和第5周),禁食至少4小时,使用Medela Symphony吸奶器采集10分钟,取5 mL乳汁立即-80°C储存 阅读提示:2.2.1 Milk Sample Collection |
| 乳汁血清分离 | 离心条件:1500×g 10分钟去除脂质层,然后100,000×g 90分钟4°C超速离心 阅读提示:2.2.2 Milk Serum Separation |
| 蛋白质制备 | 使用70 μg总蛋白,FASP方法,胰蛋白酶和Lys-C酶解,脱盐步骤 阅读提示:2.2.3 Mass Spectrometry and Protein Quantification |
| 质谱分析 | DIA模式,TripleTOF 6600+,扫描范围400-1250 Da,100个SWATH窗口6-90 Da,1% FDR过滤 阅读提示:2.2.3 Mass Spectrometry and Protein Quantification |
| 数据分析和差异蛋白筛选 | 差异蛋白筛选标准:q<0.05(Storey FDR)和|倍数变化|>1.5;至少80%样本中鉴定到,至少2个唯一肽段 阅读提示:2.4 Mass Spectrometric Raw Data Analysis, Spectral Library Generation and SWATH Quantitation |