患者队列遗传分析
鉴定MPZL2基因变异与听力损失的关联,并验证p.Q74∗为创始人等位基因
对YUHL队列中729个家系进行靶向panel或全外显子测序,鉴定MPZL2变异,并进行单倍型分析。
Gene supplementation with precise transgene expression rescues hearing loss in a mouse model with an Mpzl2 East Asian founder variant
包含患者队列遗传分析、单细胞RNA测序、敲入小鼠模型、AAV基因治疗体外及体内实验,多个独立证据层次且包含功能与机制验证。
Mpzl2 p.Q74∗敲入小鼠模型 HEK293T细胞 YUHL队列患者样本
验证MPZL2 p.Q74∗为东亚创始人等位基因的连锁不平衡分析 验证Mpzl2 p.Q74∗敲入小鼠的听力表型和Deiter细胞变性 验证AAV-DJ-CAG-hMPZL2的耳毒性及其剂量依赖性 验证DJ-EF1α-hMPZL2的长期听力恢复效果(长达24周) 验证EF1α启动子相比CAG启动子降低了hMPZL2表达水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定MPZL2基因变异与听力损失的关联,并验证p.Q74∗为创始人等位基因
对YUHL队列中729个家系进行靶向panel或全外显子测序,鉴定MPZL2变异,并进行单倍型分析。
验证Mpzl2 p.Q74∗突变是否引起DFNB111表型
通过CRISPR-Cas9介导的同源定向修复策略构建Mpzl2 p.Q74∗敲入小鼠,并进行ABR、DPOAE测试和组织学分析。
测试CAG启动子驱动的hMPZL2基因补充是否有效及安全
通过圆窗膜注射AAV-DJ-CAG-hMPZL2或AAV-PHP.eB-CAG-hMPZL2至P1-P3小鼠,评估听力和毛细胞/支持细胞存活。
验证使用EF1α启动子是否降低耳毒性并恢复听力
通过圆窗膜注射AAV-DJ-EF1α-hMPZL2至P1-P3小鼠,进行长达24周的ABR、DPOAE和组织学评估。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 遗传分析 | Agilent SureSelect V5富集捕获试剂盒 | Agilent Technologies | 5990-9857 |
| Illumina HiSeq 2500平台 | Illumina | -- | |
| 动物建模 | KAPA快速提取试剂盒 | Merck | KK7102 |
| NruI限制性内切酶 | NEB | R3192L | |
| 2×Taq PCR预混液 | BIOFACT | ST302-50h | |
| 细胞实验 | DMEM培养基 | Capricorn Scientific | DMEM-HPA |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F2442 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140112 | |
| Lipofectamine PLUS转染试剂 | Invitrogen | 15338100 | |
| CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7570 | |
| 分子检测 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| DNase I | Invitrogen | 18068015 | |
| RNA-to-cDNA EcoDry Premix(双引物)试剂盒 | Takara Bio | 639548 | |
| TB Green Premix Ex Taq II(Tli RNaseH Plus)qPCR预混液 | Takara Bio | RR420B | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 4693116001 |
| Bradford蛋白浓度测定试剂盒 | Bio-Rad | 5000006 | |
| EzWay PAG预制胶 | KOMA | KG50105 | |
| Bio-Rad Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | -- | |
| 脱脂奶粉 | LPS Solution | SKI500 | |
| 抗MPZL2抗体 | Proteintech | 11787-1-AP | |
| 抗Myc抗体 | Cell Signaling Technology | 2278S | |
| 抗β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1615 | |
| 山羊抗兔IgG(辣根过氧化物酶标记) | Enzo Life Sciences | ADI-SAB-300-J | |
| Pierce ECL蛋白质印迹底物 | Invitrogen | 32209 | |
| 听觉功能检测 | RZ6数字信号处理器 | Tucker-Davis Technologies | -- |
| BioSigRZ软件 | Tucker-Davis Technologies | -- | |
| SigGenRZ软件 | Tucker-Davis Technologies | -- | |
| MF1磁力扬声器 | Tucker-Davis Technologies | -- | |
| Medusa生物放大器系统(RA4LI) | Tucker-Davis Technologies | -- | |
| ER 10B+麦克风 | Etymotic | -- | |
| AAV生产 | AAV-DJ | VectorBuilder | -- |
| AAV-PHP.eB | VectorBuilder | -- | |
| 动物注射 | 玻璃微量移液管 | World Precision Instruments | 504949 |
| Nanoliter 2020注射器 | World Precision Instruments | -- | |
| 组织学 | Triton X-100 | Biosesang | TR1020 |
| Retrieve-all抗原修复液 | BioLegend | 927901 | |
| 抗EGFP抗体 | Abcam | ab184601 | |
| 抗MYO7A抗体 | Proteus BioScience | 25-6790 | |
| 抗SOX2抗体 | Abcam | ab92494 | |
| 抗SOX2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc365823 | |
| 抗ZO1抗体 | Invitrogen | 33-9100 | |
| 抗parvalbumin抗体 | Sigma-Aldrich | P3088 | |
| 抗IV型胶原蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | SAB4300738 | |
| DAPI | Bio-Rad | 1351303 | |
| Alexa Fluor 488鬼笔环肽 | Invitrogen | A12379 | |
| Dako Faramount水性封片剂 | Agilent Dako | S3025 | |
| Carl Zeiss LSM780显微镜 | Carl Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者遗传分析 | YUHL队列纳入标准;靶向panel和WES的覆盖度及变异筛选阈值 阅读提示:Materials and methods - Patients and clinical evaluation, WES and targeted panel sequencing |
| Mpzl2 p.Q74∗敲入小鼠构建 | gRNA序列、供体寡核苷酸设计、显微注射条件、基因分型方法(NruI RFLP) 阅读提示:Materials and methods - Generation and genotyping of the Mpzl2 p.Q74∗ KI mice |
| 听觉功能评估 | ABR和DPOAE参数,包括频率范围、声压级范围、步进、信号平均次数 阅读提示:Materials and methods - ABR and DPOAE thresholds |
| AAV注射 | AAV血清型、启动子、滴度、注射体积、注射速度、注射时间(P1-P3)、注射途径(RWM)、麻醉方法 阅读提示:Materials and methods - AAV injection into neonatal mice |
| 细胞活力实验 | MOI范围、感染时间(4天)、细胞系(HEK293T)、检测试剂盒 阅读提示:Materials and methods - Cell viability assay |