住院新生儿鼻腔微生物组低多样性与金黄色葡萄球菌定植和血流感染相关

背景：金黄色葡萄球菌是导致新生儿感染性疾病发病和死亡的主要原因之一。关于鼻腔微生物组与新生儿金黄色葡萄球菌定植和感染易感性之间关联的数据很少。方法：我们进行了2项匹配的病例对照研究（定植队列——获得和未获得金黄色葡萄球菌定植的新生儿；菌血症队列——获得金黄色葡萄球菌定植的新生儿（定植新生儿）和未获得金黄色葡萄球菌定植的新生儿（对照组），以及患有金黄色葡萄球菌菌血症的新生儿（菌血症新生儿））。纳入2个重症监护病房的新生儿，并在定植或感染时按生命周龄进行匹配。每周采集鼻部样本直至出院，并进行金黄色葡萄球菌培养，使用16S rRNA基因测序表征鼻腔微生物组。结果：在定植队列中，43名金黄色葡萄球菌定植新生儿与82名对照匹配。在生命第1周，获得金黄色葡萄球菌定植的新生儿具有较低的α多样性（Wilcoxon秩和检验P < .05），并且β多样性存在差异（omnibus MiRKAT P = .002），即使在调整出生体重后也是如此（P = .01）。菌血症队列包括10名新生儿，其中80%在出生后4周内发生菌血症，70%在菌血症发生前后几天内金黄色葡萄球菌培养阳性。与定植新生儿和对照组相比，菌血症新生儿的金黄色葡萄球菌序列相对丰度增加，α多样性指标降低。结论：金黄色葡萄球菌丰度增加与微生物组多样性降低之间的关联表明，需要针对鼻腔微生物组进行干预，以预防易感新生儿发生金黄色葡萄球菌疾病。