加纳新生儿重症监护病房多重耐药革兰阴性菌高携带率

High Carriage Rates of Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria in Neonatal Intensive Care Units From Ghana

作者信息Appiah-Korang Labi, Stephanie Bjerrum, Christabel C Enweronu-Laryea, Prosper K Ayibor, Karen L Nielsen, Rasmus L Marvig, Mercy J Newman, Leif P Andersen, Jorgen A L Kurtzhals
PMID32373647
发布时间2020-03-28
DOI10.1093/ofid/ofaa109

实验完整度

中

横断面研究,包含微生物培养、药敏测试、WGS测序、风险因素分析及环境筛查,但缺乏干预性功能验证。

主要模型

新生儿(NICU住院新生儿) 环境样本(NICU环境表面) 临床分离菌株(血培养分离株)

重点核对

筛查新生儿数量:228 标本采集时间点:2017年9月及2018年1月 抗生素使用定义:标本采集前是否使用抗生素 MDR定义:对≥3类抗生素中的≥1种不敏感 产碳青霉烯酶菌株的WGS分析

摘要

背景:住院新生儿携带多重耐药(MDR)革兰阴性菌(GN)可能增加新生儿重症监护病房(NICU)难以治疗侵袭性感染的风险。非洲住院新生儿MDRGN携带数据有限。方法:我们在加纳2家三级医院的NICU进行了一项横断面研究。对腋窝、腹股沟、肛周区域和环境的拭子进行培养,鉴定GN并进行抗生素敏感性测试。我们从脓毒症新生儿的血培养中分离菌株。使用全基因组测序表征产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌。通过多位点序列分型(MLST)和单核苷酸多态性(SNP)分析进行分型。结果:从228名筛查新生儿中分离出276株GN。76.8%(175/228)的新生儿培养出致病性GN。克雷伯菌属(41.7%;115/276)和大肠埃希菌(26.4%;73/276)是最常见的菌株。MDRGN和第三代头孢菌素耐药菌的携带率分别为49.6%(113/228)和46.1%(105/228)。在克雷伯菌属中,75.6%(87/115)表型表达超广谱β-内酰胺酶活性,而15.6%表达碳青霉烯酶并携带bla-OXA-181和bla-CTX-M-15。总体而言,7.0%(16/228)的新生儿发生GN血流感染。在11名新生儿中的2名中,测序显示携带菌与血流感染菌具有相同身份。标本采集前的住院时间和抗生素使用与携带率独立相关,携带率从入院时的13%增加到第2天的42%,并在第15天达到91%的平台期。结论:高MDRGN携带率,包括产碳青霉烯酶肠杆菌目,可能是非洲NICU中新出现的问题。关键词:碳青霉烯酶,携带,加纳,多重耐药,新生儿。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
加纳两家三级医院NICU中新生儿MDRGN携带率及其相关风险因素如何?
核心机制
MDRGN携带率与住院时间和抗生素使用独立相关,携带率随住院时间延长而增加,提示院内传播和抗生素选择压力是主要驱动因素。
主要证据
横断面研究显示MDRGN携带率为49.6%(113/228),抗生素使用(aOR 11.08, 95% CI 5.54-22.15)和住院时间(aOR 1.04, 95% CI 1.01-1.07)是独立风险因素;WGS显示2例配对携带与血流感染菌株SNP差异为0。
研究意义
研究结果强调改善抗生素使用和感染防控措施的必要性,以限制低资源环境下NICU中MDRGN的影响。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

标本采集与细菌分离培养

评估新生儿MDRGN携带率和环境污染情况

对NICU新生儿腋窝、腹股沟、肛周区域和环境表面进行拭子采样,使用MacConkey琼脂培养,鉴定GN菌株。

2

抗生素敏感性及耐药表型检测

确定GN菌株的耐药谱和耐药机制

采用Kirby-Bauer纸片扩散法进行药敏测试,使用EUCAST标准判断;检测ESBL和碳青霉烯酶表型。

3

全基因组测序及分子分型

对产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌进行分子特征分析并追踪传播来源

对表型产碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌进行WGS,分析耐药基因、MLST和荚膜血清型;对携带、血流和环境分离株进行SNP分析。

4

临床数据分析及风险评估

识别MDRGN携带的风险因素及相关临床结局

收集新生儿临床数据,进行单因素和多因素logistic回归分析,评估MDRGN及头孢三代耐药菌携带的相关因素。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
BBL液体Amies培养基培养拭子Becton Dickinson--
麦康凯琼脂----
乳糖琼脂SSI Diagnostica--
MALDI Biotyper质谱仪Bruker Daltonics--
RODAC接触皿----
Müller-Hinton琼脂SSI Diagnostica--
ROSCO ESBL + AMPC检测试剂盒ROSCO--
ROSCO KPC + MBL + OXA-48检测试剂盒ROSCO--
DNeasy血液和组织试剂盒QIAGEN--
MiSeq测序仪Illumina--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
标本采集
采样部位和拭子类型;采样时间点;筛查新生儿数量
阅读提示:Methods: Specimen Collection and Microbiology Analysis; Results: Patient Characteristics
药敏试验
抗生素种类;耐药判定阈值;ESBL和碳青霉烯酶检测方法
阅读提示:Methods: Specimen Collection and Microbiology Analysis; Results: Carriage of Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria
分子分析
WGS测序平台和文库制备;分析工具及版本;MLST和SNP分析方法
阅读提示:Methods: Molecular Analysis; Results: Bloodstream Infections During Admission
临床数据
收集的变量(如抗生素使用、住院时间);MDR定义;统计模型和显著性水平
阅读提示:Methods: Clinical Data; Methods: Statistical Analysis and Definitions; Results: Risk Factors for Carriage of Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria