菌株收集与表型筛选
确定临床分离株中粘菌素耐药肠杆菌目的患病率并识别耐药菌株。
收集2016年1月至2017年3月间的临床分离株,通过肉汤微量稀释法检测粘菌素MIC,定义MIC≥4 mg/L为耐药。
Risk Factors for and Mechanisms of CO listin R esistance Among E nterobacterales: Getting at the CORE of the Issue
包含回顾性病例对照研究、临床数据多因素分析、全基因组测序及耐药基因突变筛查,但缺乏体内或体外功能验证实验。
临床分离的粘菌素耐药肠杆菌目(CORE)菌株 临床分离的粘菌素敏感肠杆菌目(COSE)菌株 未感染对照患者的临床培养阴性样本
纳入患者的年龄是否>55岁 前90天内是否有抗生素暴露 菌株是否通过肉汤微量稀释法确认粘菌素MIC≥4 mg/L 进行全基因组测序的分离株种类及数量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定临床分离株中粘菌素耐药肠杆菌目的患病率并识别耐药菌株。
收集2016年1月至2017年3月间的临床分离株,通过肉汤微量稀释法检测粘菌素MIC,定义MIC≥4 mg/L为耐药。
比较CORE、COSE与对照组之间的临床特征,识别耐药相关的危险因素。
将CORE患者与COSE患者和未感染对照者按1:1匹配,提取人口统计学、合并症、前90天抗生素暴露等数据,并运用多变量logistic回归分析。
鉴定粘菌素耐药菌株中推定的耐药基因突变。
对33株CORE分离株进行全基因组测序,分析包括mcr、mgrB、phoP/Q、pmrA/B等基因的突变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 菌株鉴定 | 布鲁克道尔顿基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 | Bruker Daltonik | -- |
| 药敏试验 | TREK Sensititre系统 | Thermo Fisher | -- |
| 全基因组测序 | Illumina NexteraXT试剂盒 | Illumina Inc. | -- |
| Illumina NextSeq550测序仪 | Illumina Inc. | -- | |
| DNA提取 | MasterPure革兰阳性菌DNA纯化试剂盒 | Epicentre | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 菌株收集与药敏试验 | 菌株来源、粘菌素MIC阈值(≥4 mg/L) 阅读提示:Methods' Laboratory Testing |
| 病例-病例-对照研究 | 匹配变量、样本量(103例CORE、103例COSE、102例对照) 阅读提示:Methods' Study Definitions and Data Collection |
| 全基因组测序 | 测序平台、分析流程(PATRIC、ResFinder等) 阅读提示:Methods' Whole-Genome Sequencing |