Pten表达分析
验证DMD患者和mdx小鼠肌肉中Pten水平是否升高。
分析公开的DMD患者肌肉微阵列数据,Western blot检测mdx小鼠不同肌肉和单根肌纤维中Pten蛋白水平,并比较mdx与WT。
PTEN Inhibition Ameliorates Muscle Degeneration and Improves Muscle Function in a Mouse Model of Duchenne Muscular Dystrophy
包含基因敲除小鼠模型、药理学抑制实验、组织学与病理分析、肌肉功能检测、RNA-seq转录组分析及TEM超微结构观察等多层级验证。
mdx小鼠(D2.B10背景) mdx/PtencKO小鼠(MyoDCre驱动的肌源性谱系特异性Pten敲除) WT对照小鼠
Pten基因敲除效率(Western blot确认Gas、Qu、Di肌肉中Pten蛋白降低) mdx小鼠品系(D2.B10背景)及对照(Ptenf/f) 肌纤维膜完整性(Evans blue摄取、血清CK水平、TEM) 肌肉功能检测(抓力、跑步机、离体肌肉收缩力) RNA-seq差异表达基因及GO/KEGG通路分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证DMD患者和mdx小鼠肌肉中Pten水平是否升高。
分析公开的DMD患者肌肉微阵列数据,Western blot检测mdx小鼠不同肌肉和单根肌纤维中Pten蛋白水平,并比较mdx与WT。
实现在肌源性祖细胞和肌纤维中特异性敲除Pten,以研究Pten在DMD中的作用。
将MyoDCre、Ptenf/f和Dmdmdx小鼠杂交,获得mdx/PtencKO小鼠及对照,并通过Western blot确认Pten敲除效率。
检验Pten敲除是否防止肌肉萎缩并恢复正常肌纤维大小。
测量体重、身体组分(EchoMRI)、肌肉重量、肌纤维CSA和Feret直径,并用α-laminin染色统计。
检验Pten敲除是否改善肌肉力量和运动能力。
进行四肢抓力测试、跑步机运动测试,以及离体EDL和比目鱼肌等长收缩功能测量。
检验Pten敲除是否减轻肌纤维坏死、纤维化和炎症。
H&E染色、Masson三色染色、CD68免疫染色,定量坏死面积、纤维化面积和巨噬细胞浸润。
检验Pten敲除是否减少膜渗漏并改善膜超微结构。
Evans blue摄取实验、血清CK活性检测、TEM观察肌膜和ECM结构,并量化膜完整性。
揭示Pten敲除调节的下游基因和通路。
对mdx和mdx/PtencKO Di肌肉进行RNA-seq,分析差异表达基因、GO和KEGG富集。
验证Pten敲除对Akt、肌膜蛋白和MG53的影响。
Western blot检测pAkt、总Akt、ITGA7、α-SG、α-DG、eMHC、MG53,免疫荧光观察MG53定位。
验证PTEN抑制剂对mdx小鼠的治疗效果。
给3周龄mdx小鼠腹腔注射VO-OHpic(10 mg/kg)或溶剂对照,连续21天,评估肌肉功能、病理和坏死面积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | MyoDCre | Jackson Laboratory | 014140 |
| Ptenf/f | Jackson Laboratory | 006440 | |
| Dmdmdx | Jackson Laboratory | 013141 | |
| PTEN抑制剂处理 | VO-OHpic三水合物 | Sigma-Aldrich | -- |
| 身体成分分析 | EchoMRI 130分析仪 | EchoMRI | -- |
| 跑步机测试 | Exer-3/6跑步机 | Columbus Instruments | -- |
| 抓力测试 | 数字抓力计 | Columbus Instruments | -- |
| 肌肉收缩功能测量 | 1200A完整肌肉测试系统 | Aurora Scientific | -- |
| 701C双相高功率刺激器 | Aurora Scientific | -- | |
| 单根肌纤维分离 | I型胶原酶 | Worthington Biochemical | -- |
| CK活性测定 | CK活性检测试剂盒 | Sigma | MAK116 |
| Evans blue摄取 | 伊文思蓝 | -- | -- |
| 组织切片 | Leica CM1850冷冻切片机 | Leica | -- |
| 免疫荧光染色 | 抗α-层粘连蛋白抗体 | Sigma | L9393 |
| 抗α-层粘连蛋白抗体 | Abcam | ab2466 | |
| 抗eMHC抗体 | Developmental Studies Hybridoma Bank (DSHB) | F1.652 | |
| Alexa Fluor 647抗小鼠CD68抗体 | BioLegend | FA-11 | |
| 抗MG53抗体 | gift from Jianjie Ma | -- | |
| 组织学成像 | Nikon D90数码相机 | Nikon | -- |
| 免疫荧光成像 | Leica DM 6000B显微镜 | Leica | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 透射电镜 | Tecnai T12透射电子显微镜 | FEI | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白分析试剂 | Pierce Biotechnology | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗Pten抗体 | Cell Signaling Technology | 9188 | |
| 抗磷酸化Ser473 Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗总Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗整合素α7抗体 | DSHB | 9.1 | |
| 抗α-肌聚糖抗体 | DSHB | IVD3(1)A9 | |
| 抗α-肌营养不良聚糖抗体 | DSHB | IIH6 | |
| 抗eMHC抗体 | DSHB | F1.652 | |
| 抗MG53抗体 | gift from Jianjie Ma | -- | |
| 抗Gapdh抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32233 | |
| 化学发光底物 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| FluorChem R系统 | ProteinSimple | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RNA测序 | Illumina HiSeq | Illumina | -- |
| RNA测序分析 | TopHat2 | -- | -- |
| HTSeq v0.6.1 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | 品系(MyoDCre、Ptenf/f、Dmdmdx)、背景(D2.B10)、年龄、性别匹配、基因型(mdx: Ptenf/f;Dmdmdx/Y 或 Dmdmdx/Dmdmdx;mdx/PtencKO: MyoDCre;Ptenf/f;Dmdmdx/Y 或 Dmdmdx/Dmdmdx) 阅读提示:Methods - Mice |
| Pten抑制剂治疗 | VO-OHpic剂量(10 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、频率(每日一次,连续21天)、溶剂组成(2% DMSO、40% PEG300、2% Tween 80)、起始年龄(3周龄) 阅读提示:Methods - Pten Inhibitor Treatment |
| 抓力测试 | 测试设备(Columbus Instruments抓力计)、测试次数(10次)、是否归一化体重、小鼠周龄(8周) 阅读提示:Methods - Whole-Limb Grip Strength Test |
| 跑步机测试 | 训练方案(3天,每天10分钟,速度10 m/min,+10°坡度,3 Hz + 1 mA电刺激)、正式测试(起始10 m/min,每2分钟增加2 m/min)、疲劳判定标准(5次推动后不能坚持10秒) 阅读提示:Methods - Treadmill Exercise Performance Test |
| 离体肌肉收缩功能 | 测试系统(Aurora Scientific 1200A)、刺激频率(EDL 1-300 Hz,比目鱼肌1-200 Hz)、温度(32°C)、等长收缩设置、肌肉长度(Lo)确定 阅读提示:Methods - Assessment of Muscle Contractile Function |
| 肌肉病理染色 | 冰冻切片厚度(10 μm)、H&E染色时间(苏木素20-30分钟,伊红1-2分钟)、Masson三色染色时间(Biebrich scarlet-acid fuchsin 3-5分钟等)、坏死面积定义(DAPI高密度区域)、纤维化面积定义(Masson三色阳性区域) 阅读提示:Methods - Histology and Immunofluorescence Staining |
| Evans blue摄取 | EB浓度(10 mg/mL在PBS中)、注射剂量(0.04 mL/10 g体重)、注射后时间(24小时)、切片观察 阅读提示:Methods - EB Uptake |
| 血清CK检测 | 血液采集方式(心脏采血)、凝血时间(30分钟)、离心条件(1000 × g,10分钟)、使用试剂盒(MAK116) 阅读提示:Methods - CK Activity Test |
| 透射电镜 | 固定液(2.5%戊二醛、1.5%多聚甲醛)、切片厚度(70 nm)、放大倍数(×6000和×26000)、膜完整性定义(ECM和肌膜层均存在为高完整性) 阅读提示:Methods - TEM and Membrane Integrity Quantification |
| RNA-seq | 组织来源(Di肌肉)、RNA提取方法(TRIzol)、建库方法(poly(A)选择)、测序平台(Illumina HiSeq)、分析软件(TopHat2、HTSeq、DESeq2/EdgeR)、显著性阈值(adjusted p<0.05) 阅读提示:Methods - Total RNA Extraction and RNA-seq Analysis |