通过多病原检测在一所大型大学发现人类腺病毒暴发,包括一些危重感染,2022年9月至2023年1月

Detection of a Human Adenovirus Outbreak, Including Some Critical Infections, Using Multipathogen Testing at a Large University, September 2022-January 2023

作者信息JoLynn P Montgomery, Juan Luis Marquez, Jennifer Nord, Aleksandra R Stamper, Elizabeth A Edwards, Nicholas Valentini, Christopher J Frank, Laraine L Washer, Robert D Ernst, Ji In Park, Deanna Price, Jim Collins, Sarah E Smith-Jeffcoat, Fang Hu, Christine L Knox, Rebia Khan, Xiaoyan Lu, Hannah L Kirking, Christopher H Hsu
PMID38680614
发布时间2024-04-05
DOI10.1093/ofid/ofae192

实验完整度

中

基于电子病历和实验室检测的观察性暴发调查,包括病例描述、接触追踪和病毒分型,但缺乏干预性实验或机制验证。

主要模型

大学学生队列 密切接触者队列

重点核对

病例定义:17-26岁、有流感样症状且经PCR确诊HAdV的学生 检测方法:BioFire呼吸道病原体panel(RPP)和Xpert Xpress CoV-2/Flu/RSV plus(quad test) 分型方法:hexon高变区1-6的扩增和测序 接触调查:对2例危重病例进行详细接触追踪,计算二代发病率 暴发结束定义:最后确诊后28天(2个潜伏期)

摘要

背景 人类腺病毒(HAdVs)可在大学环境中引起流感样疾病暴发。健康年轻成年人的大多数感染是轻微的;严重疾病很少发生。2022年秋季,在一所大学的学生中发现了一起腺病毒暴发。 方法 HAdV病例定义为17-26岁的大学生,他们到大学健康服务中心或附近的急诊科就诊,出现流感样症状(如发热、咳嗽、头痛、肌痛、恶心),并通过聚合酶链反应(PCR)确诊为腺病毒感染。从电子病历中提取人口统计学和临床特征;临床严重程度分为轻度、中度、重度和危重。我们对危重病例进行了接触调查。对部分标本进行了测序以确认HAdV类型。 结果 从2022年9月28日至2023年1月30日,共确认了90例PCR确诊病例(51%为女性;平均年龄19.6岁)。大多数病例(88.9%)病情轻微。7例需要住院治疗,其中2例危重病例需要重症监护。接触调查确定了44名密切接触者;6名(14%)确诊为HAdV病例,8名(18%)报告有症状但从未就医。所有分型的HAdV阳性标本(n = 36)均为4型。 结论 虽然大多数确诊的HAdV学生病情轻微,但7名原本健康的学生出现严重或危重疾病。在相对较高的住院人数和未就医的有症状密切接触者的比例之间,真实的HAdV病例数可能更高。我们的发现表明,即使已知有其他病毒在传播,也需要考虑广泛的病原体。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
在一所大型大学中,2022年9月至2023年1月期间人类腺病毒暴发的特征、临床严重程度和传播范围如何?
核心机制
HAdV-4是此次暴发的病原体,通过呼吸道飞沫和接触传播,导致从轻度到危重的疾病谱。
主要证据
90例PCR确诊的HAdV病例,其中7例住院治疗,2例危重;所有分型(36例)均为HAdV-4,且序列高度同源;接触调查显示部分接触者出现症状但未就医。
研究意义
研究强调了在聚集环境中考虑多种病原体的必要性,即使已知其他病毒在传播,也应考虑HAdV作为流感样疾病暴发的可能原因。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

病例检测和定义

识别符合病例定义的大学生HAdV感染病例

通过监测大学健康服务中心和急诊科的就诊记录,对出现流感样症状且有呼吸道多病原体检测的17-26岁学生进行筛选。

2

临床和流行病学数据收集

描述病例的人口统计学和临床特征,以及严重程度

从电子病历中提取人口统计学、症状、实验室结果和住院信息,并使用COVID-19临床严重程度指数对严重程度进行分类。

3

接触调查和追踪

确定危重病例的密切接触者的感染状态和症状,评估传播情况

对2例危重病例(A和B)进行详细接触追踪,识别密切接触者,并联系他们以确定暴露和症状状态。

4

实验室分型

确定暴发中传播的HAdV类型

将36个残余标本送往CDC进行hexon高变区1-6的PCR扩增和测序。

5

监测和代理监测

监测暴发趋势并估计潜在疾病负担

分析每周quad测试的数量和阴性率,作为HAdV潜在病例的代理指标。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
BioFire呼吸道2.1panelBiomérieux--
Xpert Xpress CoV-2/流感/RSV plusCepheid--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
病例检测
病例定义:17-26岁、流感样症状、PCR阳性;检测方法:RPP
阅读提示:Methods中的Case Detection and Definition
临床严重程度分类
严重程度标准:基于COVID-19临床严重程度指数修改
阅读提示:Methods中的Demographic and Clinical Data Collection
病毒分型
分型方法:hexon高变区1-6测序;样本数量:36
阅读提示:Methods中的Laboratory Typing
接触调查
接触定义:密切接触者识别标准;二代发病率计算
阅读提示:Results中的Case Investigation和Enhanced Contact Investigations
代理监测
quad测试的每周数量和阴性率
阅读提示:Results中的Respiratory Panel和Quad Laboratory Test Results