DDR基因表达谱分析
鉴定在化疗处理后AML细胞系中表达变化的DDR基因
使用PCR阵列分析MV-4-11和KASUMI-1细胞系在伊达比星和阿糖胞苷处理后DDR基因表达变化
Silencing of the DNA damage repair regulator PPP1R15A sensitizes acute myeloid leukemia cells to chemotherapy
包含细胞系体外实验、患者样本分析及独立数据库验证,并通过siRNA和CRISPR-Cas9两种方法进行功能验证,实验层级完整。
MOLM-13细胞系 KASUMI-1细胞系 TF-1细胞系 AML患者骨髓样本
PPP1R15A在AML患者中表达上调,且在较高细胞遗传学风险组中表达增加 PPP1R15A沉默增加AML细胞对伊达比星和阿糖胞苷的敏感性,降低细胞活力 PPP1R15A沉默在未经化疗处理的细胞中不影响细胞活力 PPP1R15A沉默通过siRNA和CRISPR-Cas9两种方法均增强化疗敏感性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定在化疗处理后AML细胞系中表达变化的DDR基因
使用PCR阵列分析MV-4-11和KASUMI-1细胞系在伊达比星和阿糖胞苷处理后DDR基因表达变化
验证候选DDR基因在AML患者中的表达水平及其与临床特征的相关性
通过qPCR检测AML患者和对照样本中PPP1R15A、CDKN1A、GADD45A、GADD45G和EXO1的表达水平,并分析其与细胞遗传学风险、FLT3-ITD、NPM1突变及生存期的相关性
评估PPP1R15A沉默对AML细胞化疗敏感性的影响
在MOLM-13和KASUMI-1细胞中使用siRNA沉默PPP1R15A,在TF-1细胞中使用CRISPR-Cas9敲除PPP1R15A,检测处理前后细胞活力和IC50变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 密度梯度离心 | Lymphoprep分离液 | STEM CELL Technologies | -- |
| RNA提取 | RNeasy Plus Mini试剂盒 | Qiagen Ltd. | -- |
| NucleoZOL试剂 | MACHEREY-NAGEL GmbH & Co. KG | -- | |
| RNA定量 | BioSpec-nano微量紫外可见分光光度计 | Shimadju | -- |
| cDNA合成 | M-MLV逆转录酶 | Life Technologies Ltd. | -- |
| qPCR | QuantiNova SYBR Green PCR预混液 | Qiagen Ltd. | -- |
| KAPA SYBR FAST qPCR预混液 | Kapa Biosystems Inc. | -- | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | Sigma | -- |
| 台盼蓝 | Sigma-Aldrich, Merck | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific Inc. | -- |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | -- |
| PPP1R15A抗体 | Santa Cruz | sc-373,815 | |
| 蛋白质印迹 | GADD34 (E3S6N)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | -- |
| β-肌动蛋白 (13E5) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| Clarity Western ECL印迹底物 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系培养条件(如MV-4-11, KASUMI-1, TF-1),培养基,血清浓度 阅读提示:参见Methods中的Cell culture |
| 药物处理 | 药物浓度(如伊达比星和Cytarabine的IC50)和处理时间 阅读提示:参见Results中的IC50和IC50计算部分 |
| 基因沉默 | siRNA序列,转染试剂,转染时间,CRISPR-Cas9 sgRNA序列 阅读提示:参见Methods中的siRNA transfection和CRISPR-Cas9介导的PPP1R15A缺失部分 |
| 基因表达检测 | RNA提取方法,反转录条件,qPCR引物序列,内参基因 阅读提示:参见Methods中的RNA分离和qPCR部分 |
| 蛋白检测 | 抗体信息(包括产品编号),蛋白提取方法,上样量 阅读提示:参见Methods中的Western blot部分 |
| 细胞活力和克隆形成实验 | 细胞接种密度,处理时间,MTT浓度,克隆形成实验条件 阅读提示:参见Methods中的MTT assay,Trypan blue assay和Clonogenicity assay部分 |