患者识别与数据收集
确定符合研究条件的COVID-19住院患者队列,并收集其人口统计学、临床和实验室数据。
从电子健康记录中提取2020年3月6日至5月11日期间住院、PCR确诊的COVID-19患者数据,映射到OHDSI CDM。
Geospatial Distribution and Predictors of Mortality in Hospitalized Patients With COVID-19: A Cohort Study
研究为单中心队列研究,包含患者临床数据、实验室检测、地理分布分析及统计建模,但没有进行功能或机制验证实验。
COVID-19住院患者队列(n=1325) 有创机械通气亚组
急性肾损伤定义:血清肌酐在48小时内升高0.3 mg/dL IMV定义:有创呼吸机医嘱及至少2次进展记录 地理分布分析:限制在医疗中心20公里范围内的普查区 统计模型:LASSO逻辑回归用于预测死亡 排除标准:年龄小于16岁
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定符合研究条件的COVID-19住院患者队列,并收集其人口统计学、临床和实验室数据。
从电子健康记录中提取2020年3月6日至5月11日期间住院、PCR确诊的COVID-19患者数据,映射到OHDSI CDM。
评估患者居住地的人口密度与住院发生率之间的关联。
使用Easy Geocoder对患者地址进行地理编码,计算普查区人口密度,并绘制地图和进行相关性分析。
量化住院患者的临床结果,包括住院时间、IMV需求、AKI发生率和死亡率。
根据EHR数据定义并计算IMV、AKI、肾脏替代治疗、住院时间、再入院和死亡率等结局。
开发逻辑回归模型预测患者的出院去向,特别是机械通气患者的死亡风险。
使用LASSO回归和多重插补构建两个预测模型,利用入院48小时内可获得的变量预测生存。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 数据提取 | Cerner Millennium | -- | -- |
| 地理编码 | Easy Geocoder | -- | -- |
| 统计分析 | R编程语言 | -- | -- |
| glmnet包 | -- | -- | |
| mice包 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 纳入标准:≥16岁,PCR确诊COVID-19,2020年3月6日至5月11日入院 阅读提示:Methods - Data Sources |
| 地理分布 | 人口密度计算基于ACS 2018年5年估算,分析范围限制在20公里内 阅读提示:Methods - Definition of Variables; Results - Demographic and Clinical Characteristics |
| 临床结局定义 | AKI定义:血清肌酐48小时内升高0.3 mg/dL;IMV定义:医嘱加至少2次进展记录 阅读提示:Methods - Definition of Variables |
| 统计建模 | LASSO回归,交叉验证,多重插补;模型变量包括年龄、性别、合并症、入院时生命体征和实验室指标 阅读提示:Methods - Statistical Analysis; Results - Predictors of Survival |