基于第三代测序的贵州省黔南州布依族人群地中海贫血流行病学研究

Epidemiological study of thalassemia in the Buyi population of Qiannan Prefecture, Guizhou Province, China based on third-generation sequencing

作者信息Jiangfen Wu, Lei Wang, Zhenju Jin, Lingyan Ren, Yinghong Shi, Ying Zhou, Guohui Meng, Aiping Mao, Di Cui, Bangquan An, Shengwen Huang
PMID41042357
发布时间2025-10
DOI10.1007/s00277-025-06394-y

实验完整度

中

包含常规血液学筛查、TGS基因检测和统计分析,但缺乏功能验证或机制实验,属于流行病学筛查研究。

主要模型

布依族人群(1003例外周血样本)

重点核对

样本量:1003名布依族个体 样本来源:贵州省黔南州五个地区(长顺、荔波、独山、都匀、龙里) 检测方法:第三代测序(PacBio Sequel II) 血液学指标:红细胞参数、血红蛋白电泳 统计方法:SPSS 22.0,P<0.05

摘要

这项遗传流行病学研究旨在调查中国贵州省黔南州布依族人群中各类地中海贫血的患病率。本研究共纳入了来自黔南州五个地区的1003名布依族个体。采集外周血样本进行常规血液检查和血红蛋白电泳。使用第三代测序(TGS)鉴定地中海贫血相关变异。布依族人群地中海贫血总体携带率为22.83%(229/1003)。α-地中海贫血、β-地中海贫血和δ-地中海贫血的携带率分别为16.15%(162/1003)、6.68%(67/1003)和1.20%(12/1003)。最常见的α-地中海贫血基因型为-α3.7/αα(32.89%),其次为--SEA/αα(25.66%)。结构变异αααanti3.7/αα和αααanti4.2/αα也被鉴定到,分别占α-珠蛋白基因变异基因型的5.26%和1.32%。对于β-地中海贫血,最常见的基因型为βCD17(AAG> TAG)/βN(45.61%)和βCD41/42(−CTTT)/βN(43.86%),其中β0-地中海贫血占β-地中海贫血的96.49%。地中海贫血在黔南州布依族人群中高度流行。该人群中观察到的变异频率与中国其他人群不同。TGS被证明是地中海贫血筛查的有效工具,特别是在高流行地区。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
贵州省黔南州布依族人群地中海贫血的携带率、基因型分布及TGS筛查的有效性如何?
核心机制
文中未明确说明
主要证据
通过对1003名布依族个体进行TGS检测,发现地中海贫血总体携带率为22.83%,α-、β-、δ-地中海贫血携带率分别为16.15%、6.68%和1.20%,且TGS检测出传统血液学筛查漏检的33例。
研究意义
研究结果强调该地区地中海贫血的高流行性和变异的多样性,提示需要加强政府关注和公共资金支持,并为制定针对性的预防控制策略提供参考。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

受试者招募与样本采集

获得具有代表性的布依族人群样本以评估地中海贫血流行情况。

从贵州省黔南州五个地区招募1003名布依族个体,采集外周血于EDTA-Na2管中。

2

常规血液学筛查

获取血液学参数并进行表型初步筛查。

使用Sysmex XN-100-4系统进行血常规检测,使用Hydrasys LC系统进行血红蛋白电泳。

3

DNA提取

为TGS检测提取基因组DNA。

使用NP968核酸提取系统通过磁珠法从全血中提取基因组DNA,并用NanoDrop分光光度计测量浓度。

4

TGS筛查

全面鉴定地中海贫血相关变异,包括结构变异。

构建长片段多重PCR扩增靶区域,制备哑铃型文库,在PacBio Sequel II平台上进行CCS模式测序,并使用生物信息学软件分析数据。

5

统计分析

计算携带率、构成比和等位基因频率,并比较组间差异。

使用SPSS 22.0进行统计分析,连续变量以均值±标准差表示,分类变量以频率和百分比表示,组间比较采用单因素方差分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

验证样本或模型特征
验证分子表达变化
数据分析与统计

产品清单

实验环节名称品牌货号
Sysmex XN-100-4Sysmex--
Hydrasys LC电泳系统Sebia Electrophoresis--
NP968核酸提取系统Tianlong Science and Technology--
NanoDrop分光光度计Thermo Scientific--
PacBio Sequel II平台PacBio--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
受试者招募
样本量、性别比例、年龄范围、地区分布
阅读提示:Methods Subjects部分
常规血液学筛查
血常规和血红蛋白电泳的具体仪器和操作流程
阅读提示:Methods Conventional hematological screening部分
DNA提取
DNA提取试剂盒或具体方法、浓度测量方法
阅读提示:Methods DNA extraction部分
TGS筛查
文库制备方法、测序平台、测序模式、数据分析软件
阅读提示:Methods TGS screening部分
统计分析
统计软件、统计方法、显著性阈值
阅读提示:Methods Statistical analysis部分