转座元件可能增强HIV-1精英控制者的抗病毒抵抗力

背景：不到0.5%的HIV-1感染者是精英控制者（ECs）——这些个体在没有抗逆转录病毒治疗的情况下维持检测不到的血浆病毒血症，尽管存在具有复制能力的病毒库。虽然ECs的CD4+ T细胞已被研究其与HIV-1抗性相关的基因表达特征，但转座元件（TEs）的表达和调控活性仍未被探索。TEs可以直接影响宿主对病原体（包括HIV-1）的免疫反应，提示它们的活性可能有助于HIV-1精英控制。为了开始验证这一假设，我们对来自ECs和其他人群的公共多组学数据进行了以TE为中心的分析。结果：我们发现ECs的CD4+ T细胞转录组和逆转录组与健康对照、接受抗逆转录病毒治疗的HIV-1感染者以及病毒血症进展者不同。然而，ECs之间存在显著的转录组异质性。我们将ECs分为四个具有不同TE和抗病毒因子表达及染色质可及性谱的聚类。几个已知具有免疫调节活性的TE家族在ECs中差异表达。它们的表达与其在ECs中的染色质可及性正相关，并与其KRAB锌指（KZNF）阻遏物的表达负相关。这种协调的、位点水平的变异形成了参与HIV-1限制的基因的推定顺式调控元件网络。结论：我们提出EC表型部分由减少KZNF介导的对特定TE来源的抗病毒基因顺式调控元件的抑制所驱动，从而增强了对HIV-1的抵抗力。我们的研究揭示了EC CD4+ T细胞转录组的异质性，包括TEs及其KZNF控制因子的可变表达，在解读HIV-1控制机制时必须考虑这些异质性。