2018年坦桑尼亚基隆贝罗谷登革热疫情期间4种登革热病毒血清型和基孔肯雅病毒的发生情况

Occurrence of 4 Dengue Virus Serotypes and Chikungunya Virus in Kilombero Valley, Tanzania, During the Dengue Outbreak in 2018

作者信息Beatrice Chipwaza, Robert David Sumaye, Maja Weisser, Winfrid Gingo, Nicholas Kim-Wah Yeo, Siti Naqiah Amrun, Fredros O Okumu, Lisa F P Ng
PMID33511240
发布时间2020-12-26
DOI10.1093/ofid/ofaa626

实验完整度

中

横断面研究,包含样本采集、分子检测和统计学分析,但缺乏功能验证和机制验证。

主要模型

发热患者(Kibaoni卫生中心门诊)

重点核对

发热标准:腋温≥37.5°C或肛温≥38°C 样本量:计划334例,实际招募294例 检测方法:实时RT-PCR检测DENV和CHIKV 季节:2018年雨季(3-5月)和旱季(6-10月)

摘要

背景:登革热和基孔肯雅病毒可引起大规模流行,发病率高达80%。坦桑尼亚曾多次暴发登革热,最近一次在2018年和2019年,主要影响沿海地区。尽管这些病毒很重要,但坦桑尼亚对登革热和基孔肯雅病毒的流行病学了解有限。本研究旨在调查坦桑尼亚基隆贝罗谷登革热和基孔肯雅病毒的流行情况。方法:2018年雨季和旱季,在坦桑尼亚东南部基隆贝罗谷的Kibaoni卫生中心进行了一项横断面研究。从门诊纳入任何年龄和性别的发热患者。采集血液样本,并通过实时逆转录聚合酶链反应检测登革热和基孔肯雅病毒RNA。结果:共招募294名患者。大多数为女性(65%),三分之一的患者年龄在14-25岁。29例(9.9%)和3例(1.0%)患者分别检测到登革热和基孔肯雅病毒。在旱季和雨季的所有年龄组中都检测到登革热。虽然检测到所有4种登革热血清型,但血清型1和3占主导,各有14例(42.4%)。此外,研究显示登革热病毒1型和3型合并感染。结论:本研究揭示了基隆贝罗地区所有4种登革热病毒血清型和基孔肯雅病毒的共同传播。重要的是,我们报告了坦桑尼亚首次出现的登革热4型。与以往由登革热2型引起的登革热暴发不同,2018年的暴发以登革热1型和3型为主。所有血清型的出现表明坦桑尼亚未来登革热流行可能出现严重的临床后果。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
坦桑尼亚基隆贝罗谷发热患者中登革热病毒和基孔肯雅病毒的流行情况及各登革热血清型的分布。
核心机制
文中未明确说明机制。
主要证据
294例发热患者中,29例DENV阳性,3例CHIKV阳性;检测到DENV 1-4型,以1型和3型为主,并有1型和3型合并感染。
研究意义
首次报道坦桑尼亚出现DENV-4,为未来疫情规划提供重要信息。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

患者招募与样本采集

收集符合发热标准的患者血液样本,用于病毒检测。

在Kibaoni卫生中心招募发热患者,进行体格检查和问卷调查,采集静脉血至EDTA管。

2

疟疾快速检测筛查

排除疟疾阳性样本,以避免混淆。

使用SD BIOLINE Malaria Ag Pf/Pan快速检测试剂盒进行疟疾检测。

3

RNA提取与实时RT-PCR检测

检测DENV和CHIKV病毒RNA,并鉴定DENV血清型。

使用QIAamp Viral RNA Mini Kit提取RNA,采用多重实时RT-PCR检测DENV1-4和CHIKV。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
SD BIOLINE疟疾抗原检测试剂盒Standard Diagnostics, Inc.--
QIAamp病毒RNA小提试剂盒QIAGEN--
多重实时RT-PCR试剂盒Infectious Diseases Horizontal Technology Centre (A*STAR)--
Rotor-Gene Q热循环仪Qiagen--
EDTA真空采血管----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
患者招募
发热标准(≥37.5°C腋温或≥38°C肛温),季节(2018年雨季和旱季)
阅读提示:Methods - Study Design and Population
样本采集
采血量(儿童和成人5mL,婴儿2-3mL),抗凝剂(EDTA)
阅读提示:Methods - Clinical Examination and Sample Collection
疟疾筛查
使用mRDT试剂盒(SD BIOLINE)排除疟疾阳性样本
阅读提示:Methods - Laboratory Analysis
RNA提取
RNA提取试剂盒(QIAamp Viral RNA Mini Kit)
阅读提示:Methods - Real-time RT-PCR
实时RT-PCR
引物和探针浓度(补充表1),循环条件,仪器(Rotor-Gene Q)
阅读提示:Methods - Real-time RT-PCR,补充表1