单细胞RNA测序分析创缘内皮异质性
鉴定糖尿病与正常创缘内皮细胞亚群,并比较PLCγ2表达差异
对糖尿病和非糖尿病个体创缘组织进行scRNA-seq,分析内皮亚群组成和PLCγ2表达。
Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing
包含scRNA-seq、细胞模型、小鼠模型(STZ和db/db)以及功能/机制验证(IHC、免疫印迹、ELISA等),证据层级多样。
人类糖尿病创缘组织(scRNA-seq) 小鼠内皮细胞(MPECs) 人皮肤微血管内皮细胞(HMECs) STZ诱导的糖尿病小鼠模型 db/db糖尿病小鼠模型
PLCγ2启动子甲基化水平(人、小鼠) VEGF和去甲基化混合物的递送剂量和时间 TNT递送参数(脉冲数量、电压、电流) 细胞类型特异性(CDH5启动子驱动gRNA) 伤口血流测量(LSI,多普勒)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定糖尿病与正常创缘内皮细胞亚群,并比较PLCγ2表达差异
对糖尿病和非糖尿病个体创缘组织进行scRNA-seq,分析内皮亚群组成和PLCγ2表达。
确定糖尿病创面中PLCγ2低表达是否与启动子高甲基化相关
通过免疫组化验证蛋白表达,通过激光显微切割和亚硫酸盐测序检测内皮细胞PLCγ2启动子甲基化。
测试高血糖和缺血单独对Plcγ2启动子甲基化的因果作用
使用STZ诱导糖尿病小鼠和缺血皮瓣模型,检测皮肤中Plcγ2启动子甲基化和表达。
验证内皮特异性的PLCγ2启动子去甲基化效果
通过TNT技术将去甲基化混合物(dCas9-SunTag-TET1CD和CDH5启动子驱动的gRNA)递送到糖尿病小鼠缺血创面,检测内皮细胞特异性的去甲基化。
确定内皮PLCγ2去甲基化是否增强VEGF介导的灌注和创面闭合
在糖尿病缺血创面模型中,比较VEGF单用、去甲基化单用或联合使用的效果,通过激光散斑成像、多普勒超声和创面闭合分析评估。
阐明PLCγ2去甲基化促进血管生成和VEGF表达的分子机制
通过免疫组化分析vWF/PLCγ2、vWF/VEGF、vWF/p-MAPK共定位,以及体外细胞实验验证PLCγ2过表达对MAPK和HIF-1α的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | Chromium Next GEM 单细胞 3' GEM、文库与凝胶微珠试剂盒 v3.1 | 10x Genomics | -- |
| NovaSeq 6000 | Illumina | -- | |
| 组织消化 | 全皮肤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-101-540 |
| MACS C管 | Miltenyi Biotec | 130-093-237 | |
| 红细胞裂解缓冲液 | BioLegend | 420301 | |
| 激光捕获显微切割 | 激光显微切割系统 | PALM Technologies | -- |
| KRT14抗体 | Novus Biologicals | NBP2-34403AF488 | |
| COL1A2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393573 | |
| vWF抗体 | Abcam | ab310904 | |
| CD144抗体 | BD Biosciences | 560411 | |
| DNA提取 | QIAamp DNA 小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| 亚硫酸盐测序 | EZ DNA 甲基化-金试剂盒 | Zymo Research | -- |
| Platinum II Taq 热启动 DNA 聚合酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 基因递送 | 组织纳米转染(TNT2.0)系统 | -- | -- |
| 镀金电极 | -- | -- | |
| 25G针 | -- | -- | |
| 细胞培养 | MCDB 131培养基 | -- | -- |
| Lipofectamine LTX | Invitrogen | 15338-100 | |
| Plus试剂 | Invitrogen | 11514-015 | |
| ELISA | 磷酸化PLCγ2(Tyr753)和总PLCγ2 ELISA | RayBiotech | PEL-PLCγ2-Y753-T-1 |
| VEGF ELISA试剂盒 | RayBiotech | ELM-VEGF-1 | |
| Western blot | 细胞裂解缓冲液 | Cell Signaling Technology | 9803 |
| NuPAGE Bis-Tris凝胶 | Invitrogen | NP0321BOX | |
| MOPS运行缓冲液 | Invitrogen | NP0001 | |
| WesternBright ECL喷雾 | Advansta | K-12049-D50 | |
| Azure c600凝胶成像系统 | Azure Biosystems | -- | |
| 流式细胞术 | True-Nuclear 4x固定浓缩液 | BioLegend | -- |
| True-Nuclear 10x透化缓冲液 | BioLegend | -- | |
| PLCγ2抗体 | Cell Signaling Technology | 3872S | |
| vWF抗体 | Cell Signaling Technology | 3872S | |
| COL1A2-PE抗体 | Cell Signaling Technology | 3872S | |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | BD | |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | BD | |
| 超声成像 | Vevo 2100超声系统 | FUJIFILM VisualSonics | -- |
| 线阵探头MS400 | FUJIFILM VisualSonics | -- | |
| 超声耦合剂 | Parker Laboratories | -- | |
| 组织学 | Trilogy | Cell Marque | -- |
| DAPI封片剂 | Invitrogen | -- | |
| 免疫组织化学 | CD31抗体 | Abcam | -- |
| vWF抗体 | Abcam | -- | |
| PLCγ2抗体 | Cell Signaling Technology | 3872S | |
| p-PLCγ2抗体 | -- | -- | |
| VEGF抗体 | -- | -- | |
| p-44/42 MAPK抗体 | -- | -- | |
| HIF-1α抗体 | -- | -- | |
| 显微成像 | 激光共聚焦扫描显微镜LSM 880 | Zeiss | -- |
| AxioScan Z1 | Zeiss | -- | |
| RNA提取 | miRVana miRNA分离试剂盒 | Ambion | AM1560 |
| NanoDrop ND-1000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RT-qPCR | SuperScript III第一链合成系统 | Invitrogen | 18080051 |
| SYBR Green实时PCR | Applied Biosystems | -- | |
| 动物模型 | C57BL/6小鼠 | The Jackson Laboratory | -- |
| 链脲佐菌素 | -- | -- | |
| 拜安康血糖监测系统 | Bayer | -- | |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| 卡洛芬 | -- | -- | |
| 皮肤打孔活检器 | -- | -- | |
| 透气敷料 | -- | -- | |
| 医用白布胶带 | -- | -- | |
| 灌注成像 | PeriCam PSI系统 | Perimed | -- |
| Pimsoft软件 | Perimed | -- | |
| 统计 | GraphPad Prism | GraphPad Software | -- |
| 图像分析 | ImageJ | National Institutes of Health | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 样本处理、细胞数量、测序平台 阅读提示:Materials and methods, scRNA-seq |
| 糖尿病模型 | STZ剂量(50 mg/kg,5天)及血糖标准(>250 mg/dL) 阅读提示:Materials and methods, Animal studies |
| 缺血创面模型 | 切口尺寸、支架大小、血管凝固 阅读提示:Materials and methods, Ischemic bi-pedicle flap model |
| TNT递送 | 质粒浓度(0.04 ng/μL)、递送时间(d1)、电极参数(10x10ms脉冲,100V,电流<10A) 阅读提示:Materials and methods, In vivo non-viral transfection using tissue nanotransfection 2.0 technology |
| 去甲基化混合物 | gRNA序列(三个gRNA的组合)和CDH5启动子特异性 阅读提示:Materials and methods, Plasmids for targeted DNA demethylation |
| 灌注测量 | 激光散斑成像时间点(d3, d7, d10) 阅读提示:Materials and methods, LSI |
| 多普勒超声 | 扫描平面、深度(1.5-3 mm) 阅读提示:Materials and methods, Doppler blood flow ultrasonic acquisition |