南非婴儿侵袭性肺炎克雷伯菌感染的基因组特征：2018年至2023年间的观察性研究

背景：肺炎克雷伯菌（KPn）是非洲儿童侵袭性细菌性疾病的主要原因，尽管其基因型特征研究较少。方法：我们对2019年3月4日至2021年2月27日及2022年5月13日至2023年10月31日期间通过观察性医院监测（n=226）收集的≤90天婴儿的侵袭性KPn分离株，以及2018年2月15日至2023年4月18日期间通过尸检采样（n=111）获取的分离株进行了测序。尸检KPn分离株由当地专家组成的死因判定小组将其归因于死亡因果途径。结果：最终分析纳入了337株分离株（医院监测226株，尸检采样111株）。基因组分析鉴定出85种不同的克隆型。序列型（ST）17占22.0%，为主导，其次是ST39占12.7%。主要的K位点（KL）为KL25（24.0%）、KL2（14.5%）和KL149（13.4%），而主要的O抗原包括O1αβ,2α（48.4%）和O5（19.9%）。85%（287/337）的KPn分离株携带多重耐药基因，其中32.9%对碳青霉烯类耐药。值得注意的是，blaOXA-181、blaNDM-5和blaNDM-1分别在26.4%、2.1%（7/337）和0.3%（1/337）的分离株中检出。结论：尽管与KPn侵袭性疾病相关的菌株多样性广泛，但超过80%的病例归因于11种K位点。这些数据为KPn流行病学提供了关键见解，并强调了在非洲幼儿中潜在疫苗开发的抗原靶点。