临床样本和数据库分析
评估FOSL1在HNSCC中的表达及其与临床病理特征的相关性。
使用TCGA数据库分析AP1家族成员表达,通过qRT-PCR和IHC检测HNSCC细胞系和组织样本(TMA)中FOSL1表达,并进行WGCNA和GO分析。
FOSL1 promotes metastasis of head and neck squamous cell carcinoma through super-enhancer-driven transcription program
包括TCGA数据分析和临床样本验证,体外细胞功能实验(迁移、侵袭、成球)、体内动物模型(皮下、原位、PDX),以及ChIP-seq和RNA-seq等机制研究。
HNSCC细胞系(UM-SCC1, FaDu) HNSCC患者来源异种移植(PDX)模型 裸鼠肿瘤模型(皮下和原位异种移植) TCGA HNSCC患者队列和临床组织样本(TMA)
FOSL1敲低效率(shRNA和siRNA) SEs定义和MED1 ChIP-seq SR11302处理剂量和时间 PDX模型中肿瘤细胞来源和接种数量 统计方法和显著性阈值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FOSL1在HNSCC中的表达及其与临床病理特征的相关性。
使用TCGA数据库分析AP1家族成员表达,通过qRT-PCR和IHC检测HNSCC细胞系和组织样本(TMA)中FOSL1表达,并进行WGCNA和GO分析。
验证FOSL1对HNSCC细胞迁移、侵袭和干性的影响。
使用shRNA和siRNA敲低FOSL1,进行伤口愈合、迁移和侵袭实验,流式细胞术分析ALDHhigh/CD44high CSC群体,肿瘤球形成实验和体外极限稀释分析。
验证FOSL1对HNSCC肿瘤生长和转移的影响。
将敲低FOSL1的细胞注射裸鼠,进行皮下极限稀释实验和原位异种移植模型,评估肿瘤体积、重量和淋巴结转移。
鉴定FOSL1调控的基因和通路。
使用RNA-seq分析FOSL1敲低后的基因表达变化,通过IPA和GSEA分析富集通路和基因集。
阐明FOSL1与超级增强子的关系。
通过ChIP-seq分析FOSL1和MED1的全基因组结合位点,定义超级增强子,并比较FOSL1敲低后SEs的变化。
评估SR11302对HNSCC肿瘤生长和转移的抑制作用。
在HNSCC PDX原位模型中,使用SR11302处理,评估肿瘤体积、重量和淋巴结转移,并检测SE相关基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| DMEM-F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 支原体污染检测试剂盒 | InvivoGen | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂RNAiMAX | Life Technologies | -- |
| 动物实验 | 基质胶 | -- | -- |
| SR11302 | -- | -- | |
| RNA提取和qRT-PCR | NucleoSpin RNA II RNA纯化试剂盒 | Machery-Nagel | 740955.20 |
| NanoDrop One分光光度计 | Fisher Scientific | -- | |
| M-MuLV逆转录酶 | New England Biolabs | M0253L | |
| SYBRGreen超混液 | Bio-Rad | 1708880 | |
| qRT-PCR | CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- |
| ChIP | 二硫代双丙亚氨酸二甲酯 | Thermo Fisher | 20665 |
| 抗MED1抗体 | Bethyl | A300-793A | |
| 抗FOSL1抗体 | Cell Signaling | 5281 | |
| ChIP-seq | NEBNext Ultra II DNA文库制备试剂盒 | NEB | E7103S |
| NEBNext多重寡核苷酸(用于Illumina) | NEB | E7335S | |
| 蛋白质印迹 | CelLytic细胞裂解缓冲液 | Sigma-Aldrich | C3228 |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma Aldrich | T9026 | |
| 抗CD44抗体 | Cell Signaling | 3750 | |
| 抗CDH1抗体 | Cell Signaling | 3195 | |
| 抗CDH2抗体 | Cell Signaling | 13116 | |
| 抗SNAI2抗体 | Cell Signaling | 9585 | |
| 迁移和侵袭 | Corning BioCoat基质胶侵袭小室 | Corning | 354480 |
| Hema 3染色试剂盒 | Fisher | 123-869 | |
| 流式细胞术 | ALDEFLUOR检测试剂盒 | STEMCELL Technologies | 01700 |
| 肿瘤细胞分离 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-095-929 |
| 肿瘤细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-108-339 | |
| 肿瘤球形成 | DMEM/F12培养基 | Fisher Scientific | 11330-032 |
| B27添加剂 | Fisher Scientific | 17504044 | |
| N2添加剂 | Fisher Scientific | 17502048 | |
| 青霉素-链霉素 | Fisher Scientific | 15140122 | |
| 人重组EGF | R&D Systems | 236-EG-01M | |
| 人重组碱性成纤维细胞生长因子 | R&D Systems | 233-FB-025/CF | |
| 免疫组织化学 | VECTASTAIN Elite ABC试剂盒 | Vector | PK-6101 |
| 抗泛角蛋白抗体 | Cell Signaling | 4545 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HNSCC细胞系(UM-SCC1、FaDu等)的来源和培养基(DMEM或DMEM-F12)、FBS浓度、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and siRNA transfection |
| 基因敲低 | shRNA序列和siRNA序列、转染试剂、转染浓度、敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and siRNA transfection; Figure S2A |
| ChIP-seq | 抗体(anti-FOSL1 #5281, anti-MED1 #A300-793A)、固定条件(DTBP和甲醛)、打断片段大小、SEs定义参数(ROSE) 阅读提示:Materials and methods: ChIP-quantitative real-time PCR, ChIP-seq, and SE analysis |
| PDX模型 | PDX样本ID(394591)、植入方式、肿瘤细胞分离方法、接种数量(106)、SR11302剂量(10 mg/kg)和给药途径(腹腔注射) 阅读提示:Materials and methods: Animal studies; Results: Targeting FOSL1... |
| 统计方法 | 统计检验(Student's t test, one-way ANOVA, Fisher's exact test)、显著性阈值(p < 0.05)、样本量和重复数 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis; Figure legends |