采样部位、病程及肺炎的存在对实时逆转录PCR检测SARS-CoV-2的影响

背景：实时逆转录聚合酶链反应(rRT-PCR)检测SARS-CoV-2的性能随采样部位、病程阶段和感染部位而变化。方法：对疑似或确诊COVID-19病例同时进行单侧鼻咽、鼻中鼻甲、咽喉拭子和唾液的SARS-CoV-2 rRT-PCR检测。真阳性定义为在评估当天或之后直至出院，任何部位至少1次rRT-PCR检测到SARS-CoV-2的患者。评估诊断性能并外推部位组合的诊断性能。结果：我们评估了105名患者；其中73名有活动性SARS-CoV-2感染。总体而言，鼻咽标本的临床敏感性最高，为85%，其次为咽喉（80%）、中鼻甲（62%）和唾液（38%–52%）。如果病程≤7天，鼻咽、咽喉、中鼻甲和唾液的临床敏感性分别为95%、88%、72%和44%–56%；如果病程>7天，则分别为70%、67%、47%和28%–44%。比较上呼吸道感染(URTI)与肺炎患者，鼻咽、咽喉、中鼻甲和唾液的临床敏感性分别为92% vs 70%、88% vs 61%、70% vs 44%、43%–54% vs 26%–45%。鼻咽加咽喉或中鼻甲加咽喉的组合可获得89%–92%的总体临床敏感性；对于URTI患者，这一比例升至96%；对于病程≤7天的患者，则升至98%。结论：鼻咽标本，其次是咽喉标本，在疾病早期对COVID-19诊断提供最高的临床敏感性。当鼻咽或中鼻甲标本与咽喉标本联合使用时，临床敏感性提高且相似。在病程第一周后或存在肺炎时，上呼吸道标本的性能较差。