量化鼻咽拭子质量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2检测性能的影响

背景：严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）循环阈值（Ct）已被用于估算病毒载量，目的是针对2019冠状病毒病（COVID-19）患者实施隔离预防措施并指导公共卫生干预。然而，标本质量的变异性可改变临床SARS-CoV-2检测获得的Ct值。我们试图定义鼻咽（NP）拭子质量的变化如何影响临床SARS-CoV-2检测的灵敏度。方法：我们对1282份因临床疑似COVID-19而采集的NP标本，在针对SARS-CoV-2 ORF1ab基因的临床RT-PCR检测中平行进行人基因靶标（β-肌动蛋白）的扩增。我们通过逻辑回归评估了NP标本质量（以人基因靶标β-肌动蛋白Ct的晚期Ct值表征）与SARS-CoV-2检测概率之间的关系，以及SARS-CoV-2与β-肌动蛋白Ct之间的线性关系。结果：低质量NP拭子检测出SARS-CoV-2的可能性较低（比值比，0.607 [95%可信区间{CrI}，0.487–0.753]）。我们观察到SARS-CoV-2与β-肌动蛋白Ct值之间存在正线性关系（斜率，0.181 [95% CrI，0.097–0.264]），这与β-肌动蛋白靶标每增加一个循环，检测减少0.181个循环相一致。COVID-19疾病严重程度与β-肌动蛋白Ct值无关。结论：NP标本质量的变化显著影响临床SARS-CoV-2检测的性能，在解读定量SARS-CoV-2 Ct结果时应谨慎。如果未能识别，低质量NP标本（以可扩增的人DNA靶标水平低为特征）可能限制SARS-CoV-2 Ct值成功用于指导感染控制和公共卫生干预。关键词：循环阈值；SARS-CoV-2；检测灵敏度。