门诊患者中自收集口腔唾液样本在检测严重急性呼吸综合征冠状病毒2方面的敏感性低于鼻-口咽拭子

Self-Collected Oral Fluid Saliva Is Insensitive Compared With Nasal-Oropharyngeal Swabs in the Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Outpatients

作者信息Yukari C Manabe, Carolyn Reuland, Tong Yu, Razvan Azamfirei, Justin P Hardick, Taylor Church, Diane M Brown, Thelio T Sewell, Annuka Antar, Paul W Blair, Chris D Heaney, Andrew Pekosz, David L Thomas, Ambulatory COVID Team, Andrea Cox, Sara Keller, Jeanne Keruly, Sabra Klein, Shruti Mehta, Heba Mostafa, Nora Pisanic, Lauren Sauer, Jeffrey Tornheim, Jennifer Townsend, Derek Armstrong, Vismaya Bachu, Brittany Barnaba, Curtisha Charles, Weiwei Dai, Abhinaya Ganesan, Jeffrey Holden, Minyoung Jang, J R Johnstone, Kate Kruczynski, Oyinkansola Kusemiju, Anastasia Lambrou, Lucy Li, Kirsten Littlefield, Han-Sol Park, Amanda Tuchler, Manuela Plazas Montana, Michelle Prizzi, Rebecca Ursin
PMID33604399
发布时间2020-12-30
DOI10.1093/ofid/ofaa648

实验完整度

中

研究包含临床队列样本的分子检测和病毒培养验证,但以诊断性能评估为主,缺少体外或动物模型的机制验证。

主要模型

非住院COVID-19门诊患者队列(60名参与者) VeroE6 TMPRSS2细胞(用于病毒培养)

重点核对

样本类型:自收集口腔液(Oracol)与鼻-口咽拭子(置于病毒转运培养基) 检测平台:Abbott Molecular RealTime SARS-CoV-2检测(m2000系统) 症状出现后时间:口腔液敏感性在症状出现5天内最高,随后下降 口腔液收集方式:加入唾液可提高敏感性 配对样本量:171对匹配样本

摘要

背景 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)大流行的控制将需要广泛获得准确的诊断检测。唾液采样规避了拭子供应链瓶颈,适合自行收集,并且与鼻咽拭子相比,在收集过程中产生气溶胶的可能性较小。 方法 我们比较了来自非住院、可活动的2019冠状病毒病(COVID-19)门诊患者队列中多个时间点的匹配唾液口腔液(在Oracol装置中收集的龈沟液)和鼻腔-口咽(OP)拭子样本在病毒转运培养基中的实时逆转录聚合酶链反应Abbott m2000结果。 结果 共有171对匹配的样本。与鼻-OP拭子相比,41.6%的口腔液样本呈阳性。在口腔液收集装置中加入唾液后,阳性符合率从37.2%(43例中的16例)提高到44.6%(65例中的29例)。在症状出现后的前5天内,阳性符合率最高,之后下降。所有具有传染性的鼻-OP样本(在VeroE6 TMPRSS2细胞上培养阳性)均匹配有SARS-CoV-2阳性的口腔液样本。 结论 在这项针对非住院SARS-CoV-2感染者的研究中,我们证明自收集口腔液相对于鼻-OP样本的诊断敏感性较低,这种差异在症状出现后5天以上尤为明显。这些数据并不支持常规使用口腔液收集来诊断SARS-CoV-2,尽管其收集更为简便。这也强调了考虑唾液样本收集方法和症状出现后时间的重要性,尤其是在门诊人群中。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
在非住院COVID-19门诊患者中,自收集口腔液样本与鼻-口咽拭子相比,在检测SARS-CoV-2方面的诊断敏感性如何?
核心机制
自收集口腔液样本检测SARS-CoV-2的敏感性低于鼻-OP样本,尤其在症状出现后5天以上,可能与病毒在上呼吸道和下呼吸道的复制动态变化有关。
主要证据
基于60名非住院患者的171对匹配样本,口腔液阳性符合率为41.6%,加入唾液后可提高至44.6%。所有病毒培养阳性的鼻-OP样本均有匹配的口腔液阳性。
研究意义
研究结果不支持常规使用口腔液收集用于SARS-CoV-2诊断,但强调了在开发家庭检测系统时,仔细考虑样本来源和症状出现后时间的重要性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

样本收集与处理

比较自收集口腔液和鼻-OP拭子检测SARS-CoV-2的性能。

参与者自行收集口腔液(通过Oracol装置)和鼻-OP拭子(置于病毒转运培养基),样本在-20°C保存后送至实验室。

2

SARS-CoV-2 RNA检测

评估两种样本类型中SARS-CoV-2 RNA的检出率和病毒载量。

使用Abbott Molecular RealTime SARS-CoV-2检测(m2000系统)对鼻-OP拭子VTM和口腔液样本进行核酸提取和RT-PCR检测。阳性判定为CN值<31.5。

3

病毒培养

评估RT-PCR阳性的鼻-OP样本中是否存在具有复制能力的病毒。

将RT-PCR阳性的鼻-OP拭子VTM接种于VeroE6 TMPRSS2细胞,通过间接免疫荧光法验证SARS-CoV-2特异性生长。

4

统计分析

比较两种样本类型中病毒RNA丰度、分析随时间变化的阳性率。

计算配对样本的中位CN值,比较鼻-OP和口腔液样本之间的差异,分析症状出现后时间对检出率的影响。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Oracol唾液收集系统Malvern Medical Developments Ltd.--
multi-Collect管Abbott Molecular--
Abbott Molecular RealTime SARS-CoV-2检测Abbott Molecular--
m2000spAbbott Molecular--
m2000rtAbbott Molecular--
VeroE6 TMPRSS2细胞----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
样本收集
参与者需要自行收集口腔液(Oracol)和鼻-OP拭子,并置于病毒转运培养基。
阅读提示:参见Methods中的Specimen Collection部分。
样本处理与检测
鼻-OP拭子VTM使用600μL,口腔液使用200μL未稀释样本;检测平台为Abbott m2000,阳性判定为CN值<31.5。
阅读提示:参见Methods中的Specimen Testing部分。
病毒培养
仅对RT-PCR阳性的鼻-OP样本进行VeroE6 TMPRSS2细胞培养,并通过IFA验证。
阅读提示:参见Methods中的Cell Culture部分。
时间因素分析
需要记录症状出现后的时间,因为口腔液的检出率在症状出现5天内最高,之后下降。
阅读提示:参见Results和Figure 3、4。