病例收集与临床病理数据整理
汇总多中心非ARMS病例,获取临床病理资料,用于后续分析。
从三个美国机构和一家墨西哥儿科医院收集1999至2019年间的存档石蜡包埋组织,纳入35岁以下诊断为ERMS或SRMS且有可用样本的病例,回顾性确认诊断并收集临床数据。
MYOD1 as a prognostic indicator in rhabdomyosarcoma
包含多中心回顾性病例队列(105例)的免疫组化分析、Sanger测序突变检测及生存分析,但缺乏体外或动物模型等独立功能验证。
非腺泡型横纹肌肉瘤(non-ARMS)患者肿瘤组织样本
样本来源:三个美国机构和一家墨西哥儿科医院的存档石蜡包埋组织(1999-2019) MYOD1免疫组化:采用Leica Biosystems单克隆抗体,Bond Max自动化仪器,抗原修复方法 MYOD1 L122R突变检测:QIAmp DNA FFPE Tissue kit提取DNA,PCR扩增外显子1,Sanger测序 生存分析:Kaplan-Meier分析,比较MYOD1阴性组(25例)与阳性组(80例)的总生存率 分组:按年龄(≥18岁 vs <18岁)、性别、组织学类型(ERMS vs SRMS)、肿瘤部位(有利 vs 不利)分组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
汇总多中心非ARMS病例,获取临床病理资料,用于后续分析。
从三个美国机构和一家墨西哥儿科医院收集1999至2019年间的存档石蜡包埋组织,纳入35岁以下诊断为ERMS或SRMS且有可用样本的病例,回顾性确认诊断并收集临床数据。
检测MYOD1蛋白表达水平,评估其与临床病理特征及预后的关联。
使用自动化免疫组化染色,由三位病理学家评估核染色程度,统计分析表达与各参数的关系。
评估MYOD1热点突变频率,并分析其与蛋白表达及临床特征的关系。
提取石蜡组织DNA,靶向扩增MYOD1外显子1,进行Sanger测序。
确定MYOD1表达与总生存期的关系。
对具有生存数据的患者进行Kaplan-Meier生存分析,并对比MYOD1阴性与阳性组的生存差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | MYOD1单克隆抗体 | Leica Biosystems | -- |
| DNA提取 | QIAmp DNA FFPE组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| PCR扩增 | KAPA HiFi热启动预混PCR试剂盒 | KAPA Biosystems | KK2601 |
| PCR产物纯化 | PureLink PCR纯化试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K310001 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病例纳入与分组 | 病例纳入标准(年龄≤35岁、病理诊断ERMS或SRMS、有可用石蜡块或切片) 阅读提示:Methods 2.1 Patients/subjects/samples |
| 免疫组化 | MYOD1抗体(Leica Biosystems)及使用浓度、抗原修复方法、自动化仪器(Bond Max) 阅读提示:Methods 2.2 Immunohistochemistry |
| 突变检测 | FFPE组织DNA提取方法、PCR引物序列、测序平台 阅读提示:Methods 2.3 Mutational analysis |
| 生存分析 | 生存数据的可用性(美国60例,墨西哥19例)、随访时间中位数(美国46.05个月,墨西哥15个月)、MYOD1阴性/阳性分组 阅读提示:Results 3.3 Statistical analysis |