样本收集与测序
获取足够数量的古代人类DNA数据进行全基因组分析。
从葡萄牙不同考古遗址进行采样,包括新石器时代、红铜时代、青铜时代、罗马时期、中世纪等时期的人类遗骸(n=94),最终67个个体通过质量过滤。进行DNA提取、文库构建和全基因组捕获测序,使用Twist Ancient DNA试剂盒进行富集。
The genetic history of Portugal over the past 5,000 years
文献包含对67例古代个体的全基因组测序、线粒体和Y染色体单倍群分析、基于F-统计和qpAdm的群体遗传分析、亲属关系评估等,并整合历史和考古数据,形成多证据层级。
古代葡萄牙人群(新石器时代至19世纪) 伊比利亚古代人群比较 现代参考人群
样本数:67个新测序个体,来自不同考古遗址 时间跨度:5000年(新石器时代至19世纪) 基因组数据:全基因组SNP分型(>35000 SNP) 群体遗传分析:主成分分析、f-统计、qpAdm模型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取足够数量的古代人类DNA数据进行全基因组分析。
从葡萄牙不同考古遗址进行采样,包括新石器时代、红铜时代、青铜时代、罗马时期、中世纪等时期的人类遗骸(n=94),最终67个个体通过质量过滤。进行DNA提取、文库构建和全基因组捕获测序,使用Twist Ancient DNA试剂盒进行富集。
确定个体间的生物学关系,以排除亲缘对群体遗传分析的影响。
使用BREADR和READv2工具进行亲缘关系分析,基于全基因组数据鉴定一对兄弟姐妹、父子/母子和更远亲属关系。
揭示不同时期葡萄牙人群的遗传结构和混合模式。
进行主成分分析、ADMIXTURE聚类、F-统计和qpAdm模型构建,估计祖先成分。
分析线粒体DNA和Y染色体单倍群,以揭示母系和父系遗传历史。
调用线粒体单倍群(haplocart)和Y染色体单倍群(HaploGrouper),统计单倍群多样性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | Twist古DNA试剂 | Twist Bioscience | -- |
| 文库构建 | KAPA HiFi HotStart 预混液 | Roche | -- |
| Herculase II 融合酶 | Agilent | -- | |
| AmpureXP 磁珠 | Beckman Coulter | -- | |
| 文库质控 | Qubit荧光计 | Thermo Fisher | -- |
| TapeStation系统 | Agilent | -- | |
| 测序 | NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 线粒体捕获 | myBaits Expert Human Affinities Prime Plus 试剂盒 | DAICEL Arbor Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集与DNA提取 | 考古遗址及个体信息、骨骼部位、DNA提取方法(Dabney et al. 优化方法) 阅读提示:Methods: Archeological samples, DNA Extraction and Library Preparation |
| 测序与数据过滤 | 测序平台(NovaSeq 6000)、比对参数(bwa aln -l 1024 -n 0.01 -o 2)、质量过滤阈值(MQ≥25, BQ≥30) 阅读提示:Methods: Data processing |
| 谱系分析 | 亲缘关系估计参数(BREADR默认) 阅读提示:Methods: Kinship estimation |
| 群体遗传分析 | 参考群体数据集、PCA设置(lsqproject, SHRINKMODE)、ADMIXTURE(k=4)、qpAdm模型及outgroups 阅读提示:Methods: Population genetic analysis |
| 单倍群分析 | mtDNA和Y染色体分析工具及版本 阅读提示:Methods: Uniparentally inherited markers |