女性在开始依非韦伦+替诺福韦+拉米夫定(或恩曲他滨)抗病毒治疗前检测到的人类免疫缺陷病毒耐药突变的影响

Impact of Human Immunodeficiency Virus Drug Resistance Mutations Detected in Women Prior to Antiretroviral Therapy With Efavirenz + Tenofovir Disoproxil Fumarate + Lamivudine (or Emtricitabine)

作者信息Ceejay L Boyce, Tatiana Sils, Ross S Milne, Jackson J Wallner, Samantha R Hardy, Daisy Ko, Annie Wong-On-Wing, Malia Mackey, Nikki Higa, Ingrid A Beck, Sheila M Styrchak, Patricia DeMarrais, Camlin Tierney, Mary G Fowler, Lisa M Frenkel, Promoting Maternal and Infant Survival Everywhere (PROMISE) Study Team, Patricia M Flynn, Judith Currier, Susan Fiscus, Katherine Luzuriaga, Adriana Weinberg, James McIntyre, Tsungai Chipato, Lawrence Fox, Karin L Klingman, Renee Browning, Lynne M Mofenson, George K Siberry, Heather Watts, Lynette Purdue, David Shapiro, Terrence Fenton, Mae P Cababasay, Paula Britto, Yan Wang, Li Liu, Sean Brummel, Konstantia Angelidou, Michael Basar, Linda Millar, Kathleen Kaiser, John Gaeddert, Linda Marillo, Andrea Ciaranello, Kenneth Freedberg, Linda Barlow-Mosha, Mary Patricia Toye, Mark Mirochnick, Debika Bhattacharya, Amy Jennings, Adam Manzella, Amanda Zadzilka, William B Kabat, Amy James Loftis, Benjamin Chi, Marc Lallemant, Taha E Taha, Dhayendre Moodley, Karin Nielsen, Arlene Bardeguez, Anna Coutsoudis, Amita Gupta, Ri
PMID39050228
发布时间2024-07-15
DOI10.1093/ofid/ofae383

实验完整度

中

包含回顾性队列分析、Sanger测序和部分病例对照的Illumina测序验证,但缺乏前瞻性干预或多层级功能实验。

主要模型

产后HIV感染女性队列 PROMISE试验参与者

重点核对

PDR检测采用Sanger测序,阈值未明确,但至少>400拷贝/mL血浆 病毒学失败定义为EFV-based ART后6或12个月HIV RNA >400拷贝/mL 主要分析使用2009 WHO耐药监测列表 双类耐药(NRTI+NNRTI)与病毒学失败关联,调整OR=11.2 (2.21–72.2)

摘要

背景:两项大型研究表明,仅对非核苷逆转录酶抑制剂(NNRTI)耐药的突变并未增加依非韦伦/替诺福韦/拉米夫定(或恩曲他滨)抗病毒治疗(ART)期间病毒学失败的风险。我们回顾性评估了第三个队列,以确定NNRTI耐药对基于依非韦伦的ART疗效的影响。方法:研究产后感染人类免疫缺陷病毒(HIV)的女性,她们因世界卫生组织推荐全民ART而启动基于依非韦伦的ART。在启动基于依非韦伦的ART前和病毒学失败(HIV RNA >400拷贝/mL)时,通过Sanger基因分型检测血浆中的耐药。采用Logistic回归分析依非韦伦前基因型与病毒学失败之间的关系。结果:1223名参与者中有169名(13.8%)检测到依非韦伦前耐药。在基于依非韦伦的ART第12个月,1233名参与者中有189名(15.3%)发生病毒学失败。病毒学失败率在依非韦伦前NNRTI耐药者中无差异。然而,虽然依非韦伦前核苷(酸)逆转录酶抑制剂(NRTI)和NNRTI耐药罕见(8/1223,0.7%),但该基因型增加了基于依非韦伦的ART期间病毒学失败的几率(校正优势比11.2 [95%置信区间,2.21–72.2])。年龄、最后一次病毒血症就诊与依非韦伦启动之间的时间间隔、临床地点、分娩时病毒血症、乙型肝炎病毒合并感染以及产前方案也与病毒学失败相关。结论:该队列中仅NNRTI耐药普遍,双类(NRTI和NNRTI)耐药罕见,只有后者与病毒学失败相关。这证实了他人的发现:如果需要,基于依非韦伦的ART为大多数人提供了多替拉韦为基础的ART的有效替代方案。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
女性在启动基于依非韦伦的ART前检测到的HIV耐药突变,尤其是NNRTI耐药,对病毒学失败有何影响?
核心机制
仅NNRTI耐药(如K103N)不影响依非韦伦方案疗效,但NRTI和NNRTI双类耐药显著增加病毒学失败风险。
主要证据
基于PROMISE产后女性队列,采用Sanger测序和部分Illumina测序,发现双类耐药与病毒学失败相关(调整OR=11.2)。
研究意义
支持在资源有限环境下,依非韦伦方案可作为多替拉韦方案的有效替代。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

研究人群与样本收集

确定回顾性队列的纳入标准并收集启动EFV-based ART前的血浆样本。

从PROMISE试验中筛选产后感染HIV女性,要求启动EFV-based ART前有HIV RNA >400拷贝/mL的血浆样本。

2

PDR检测(Sanger测序)

检测启动EFV-based ART前的HIV耐药突变。

从血浆提取RNA,逆转录扩增HIV pol基因的蛋白酶和部分逆转录酶区域,进行共识Sanger测序。

3

病毒学失败评估

确定EFV-based ART治疗12个月内的病毒学失败。

在EFV-based ART的第6个月和第12个月测量血浆HIV RNA,病毒学失败定义为HIV RNA >400拷贝/mL。

4

与病毒学失败关联的统计分析

评估PDR对病毒学失败的影响。

使用Logistic回归模型,调整年龄、CD4计数、HIV RNA负载、临床地点等因素,分析PDR与病毒学失败的关系。

5

亚组分析(产前TDF/FTC+LPV/r组)

探索在特定产前方案组中PDR与病毒学失败的关系。

按PROMISE产前随机化方案分层,比较各亚组中PDR与病毒学失败的关联。

6

Illumina测序验证(事后分析)

调查TDF/FTC+LPV/r组中低频率耐药突变(未被Sanger测序检测)是否与病毒学失败相关。

对24例病例和80例对照的预处理血浆进行Illumina测序,检测低频率突变。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

耐药基因型检测
病毒载量检测

产品清单

实验环节名称品牌货号
QIAamp病毒RNA小提试剂盒QiagenValencia,
PrimeScript一步法RT-PCRTakara Bio USAMountain
SuperScript III第一链合成系统InvitrogenCarlsbad,
Agencourt Ampure XP磁珠Beckman-CoulterBeverly,
FastStart高保真PCR系统Roche DiagnosticsMannheim,
MiSeq试剂盒v3IlluminaSan

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
样本纳入
产后HIV感染女性,启动EFV-based ART前HIV RNA >400拷贝/mL
阅读提示:MATERIALS AND METHODS: Study Participants and Design
PDR检测
使用Sanger测序,从血浆提取RNA,扩增HIV pol片段
阅读提示:MATERIALS AND METHODS: Laboratory Methods
病毒学失败定义
EFV-based ART后6或12个月HIV RNA >400拷贝/mL
阅读提示:MATERIALS AND METHODS: Study Participants and Design; RESULTS
统计分析
调整年龄、CD4计数、HIV RNA、临床地点等
阅读提示:MATERIALS AND METHODS: Statistical Analyses