不丹广泛传播的多药耐药结核分枝杆菌：一项回顾性基因组流行病学研究

背景：不丹的多药耐药结核病（MDR-TB）病例比例正在上升。我们进行了首次回顾性基因组流行病学研究，以了解不丹结核分枝杆菌的群体结构、耐药模式及近期传播情况。方法：对2018年至2022年间在澳大利亚墨尔本微生物诊断单位公共卫生实验室收集的不丹耐药结核病（DR-TB）和药物敏感结核病（DS-TB）分离株进行全基因组测序。进行生物信息学分析以识别耐药突变和病例的基因组聚类。结果：每年约对40%的DR-TB和2.5%的DS-TB进行测序。在通过质量控制的203个序列中，126个（62.1%）为MDR-TB，15个（7.4%）为异烟肼耐药结核病。共有4个不同的流行谱系，其中大多数属于谱系2（86.2%）。使用≤12个SNP的阈值，71%的序列形成12个基因组簇；最大的簇包含所有MDR-TB序列的88%，并覆盖了整个研究时期和全国。这些病例高度克隆，平均成对SNP距离为10（范围0-25）。与公开可用的国际序列数据的系统发育分析显示，该MDR-TB簇形成一个独特的分支。结论：与目前关于重复输入的假设相反，不丹MDR-TB的主要负担似乎是由于近期本地传播导致的一个大型地方性簇，主张针对该MDR-TB分支进行有针对性的加强接触者追踪和筛查。这项研究强调了在资源有限的环境中投资结核病基因组学以获得可操作信息来指导政策决策的重要价值。