队列建立与样本收集
收集疑似细菌感染且血培养阴性的足月及近足月新生儿的血培养残留物,用于后续PCR检测。
从RAIN研究的510名新生儿中纳入284名,收集血培养阴性且培养5天后的残留物(2×2 mL血与培养基混合),储存于-80°C。同时收集5份阳性对照血培养物。
Yield of Targeted Polymerase Chain Reaction in Probable Early-Onset Sepsis: A Prospective Cohort Study in Term and Near-Term Neonates With Negative Blood Culture Results
研究包含临床队列样本(284例新生儿血培养残留物)和实验室验证(PCR开发、阳性对照、加标实验),但缺乏功能或机制验证。
疑似细菌感染的足月及近足月新生儿队列 血培养残留物
284名新生儿血培养样本,培养5天后储存于-80°C 针对GBS和E.coli的靶向PCR,三重复检测 Ct值<37定义为阳性 样本处理:血清分离管、MagNA Pure 96 DNA提取 统计分析:3组间比较,P<.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集疑似细菌感染且血培养阴性的足月及近足月新生儿的血培养残留物,用于后续PCR检测。
从RAIN研究的510名新生儿中纳入284名,收集血培养阴性且培养5天后的残留物(2×2 mL血与培养基混合),储存于-80°C。同时收集5份阳性对照血培养物。
建立针对GBS和E.coli的灵敏且特异的实时PCR检测方法,用于检测血培养残留物中的细菌DNA。
基于已有方法(E.coli PCR参考Pavlovic et al.)和新建GBS PCR(靶向dltS基因),优化引物探针浓度,检测限接近1个细胞当量DNA。样本经血清分离管处理,提取DNA后,在LightCycler 480上进行PCR。
对284例新生儿血培养残留物进行GBS和E.coli靶向PCR检测,并根据Ct值将结果分为阴性、可能阳性、确定阳性。
对所有样本分批进行三重复PCR检测,记录Ct值,根据预设标准分类。
比较PCR阳性、可能阳性、阴性三组新生儿的基线特征和感染相关指标,以评估PCR结果是否与临床特征相关。
收集基线和感染相关数据(如分娩方式、母亲GBS状态、C反应蛋白、降钙素原等),并进行组间比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | 血清分离管 | Becton Dickinson | -- |
| 核酸提取 | MagNA Pure 96 | Roche Diagnostics | -- |
| MagNA Pure 96 DNA和病毒NA小体积试剂盒 | Roche Diagnostics | -- | |
| PCR扩增 | LightCycler 480 | Roche Diagnostics | -- |
| LightCycler 480探针法预混液 | Roche Diagnostics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与储存 | 血培养的体积和采集时机;培养5天后储存于-80°C的条件;血培养瓶品牌 阅读提示:Methods 部分 |
| PCR检测 | PCR引物和探针序列(补充表1);循环条件;Ct值阈值37;三重复检测;阳性对照 阅读提示:Methods 部分和 Supplementary Table 1 |
| 数据分析 | 分组标准(确定阳性、可能阳性、阴性);统计检验方法 阅读提示:Methods 部分 |