肾脏富集表达验证
验证miR-10a/b在肾脏中的富集表达模式及细胞定位。
通过原位杂交和qRT-PCR分析小鼠和人多个器官及肾脏细胞系中miR-10a/b的表达,并通过荧光原位杂交确定其在肾小管上皮细胞和足细胞中的定位。
MicroRNA-10 negatively regulates inflammation in diabetic kidney via targeting activation of the NLRP3 inflammasome
采用体外细胞模型(TECs、足细胞)进行miR-10a/b过表达、敲除及荧光素酶报告实验验证靶向关系,并使用STZ和db/db两种糖尿病小鼠模型进行体内过表达和敲低功能研究,同时结合患者肾活检样本进行相关性分析。
HK-2细胞(人肾小管上皮细胞系) 人足细胞(分化) STZ处理的单侧肾切除C57BL/6J小鼠(高脂饮食) db/db小鼠
miR-10a/b与NLRP3的靶向结合位点(3'UTR及种子序列) 高糖处理浓度与时间(剂量和时间依赖性) STZ注射剂量和方案(50 mg/kg,连续5天) 慢病毒递送的时间点(STZ处理前1周或后6周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证miR-10a/b在肾脏中的富集表达模式及细胞定位。
通过原位杂交和qRT-PCR分析小鼠和人多个器官及肾脏细胞系中miR-10a/b的表达,并通过荧光原位杂交确定其在肾小管上皮细胞和足细胞中的定位。
评估糖尿病肾脏中miR-10a/b表达变化及其与NLRP3表达的相关性。
在STZ处理和高脂饮食诱导的糖尿病小鼠和db/db小鼠中,通过qRT-PCR和原位杂交检测miR-10a/b表达,通过western blot和免疫组化检测NLRP3表达,并分析二者相关性。
验证高糖是否以不依赖渗透压的方式下调miR-10a/b表达,并排除氧化应激介导。
使用不同浓度葡萄糖或甘露醇处理HK-2细胞和人足细胞,检测miR-10a/b表达变化;给予ROS抑制剂或清除剂观察表达是否恢复。
验证miR-10a/b通过种子序列与NLRP3 mRNA的3'UTR结合,抑制其翻译。
通过生物信息学预测miR-10a/b的靶基因,构建野生型和突变型NLRP3 3'UTR荧光素酶报告质粒,与miR-10a/b mimic或antagomir共转染,检测荧光素酶活性变化。
验证miR-10a/b对NLRP3炎症小体激活的负调控作用。
通过CRISPR-Cas9敲除HK-2细胞和人足细胞中的miR-10a/b,检测NLRP3表达和下游炎症因子;再转染miR-10a/b mimic或突变体,观察对高糖诱导的NLRP3炎症小体激活的影响。
评估miR-10a/b在体内对肾脏炎症和损伤的作用。
在STZ处理前1周或后6周,通过肾内注射慢病毒载体过表达miR-10a/b或敲低(antisense),12周后分析肾脏NLRP3炎症小体、炎症细胞浸润、肾损伤和蛋白尿。
验证人DKD中miR-10a/b表达与NLRP3炎症小体激活和肾脏炎症的相关性。
对27例经活检证实的DKD患者和6例对照的肾脏样本进行原位杂交和免疫组化,检测miR-10a/b、NLRP3和CD11b表达,并进行偏相关分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Life Technologies | -- |
| DMEM低糖培养基 | Life Technologies | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 动物实验 | 链脲佐菌素 | -- | -- |
| 基因递送 | 慢病毒载体pGLV | GenePharma | -- |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂3000 | Invitrogen | -- |
| 基因敲除 | CRISPR-Cas9载体 | GeneChem | -- |
| 荧光素酶实验 | pGL3启动子载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| 原位杂交 | 锁核酸探针 | Exiqon | -- |
| NBT/BCIP底物 | Roche | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| miRNA检测 | MystiCq miRNA qPCR检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- |
| NLRP3抗体 | Abcam | -- | |
| Casp1抗体 | Abcam | -- | |
| IL-1β抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| ASC抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 免疫组化/免疫荧光 | NLRP3抗体 | Abcam | -- |
| CD11b抗体 | Abcam | -- | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 纤连蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 足细胞蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测系统 | Promega | -- |
| 流式细胞术 | 胶原酶IV | -- | -- |
| 抗CD3e-FITC抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD4-PE抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD8A-PerCP-Cy5.5抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD45-FITC抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD11c-PE抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- | |
| RT-qPCR | SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Takara Bio | -- |
| 7500快速实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 尿液分析 | 白蛋白ELISA试剂盒 | Bethyl Laboratories | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 6.0 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和分化 | 人足细胞分化条件(33°C培养至70%汇合后转至37°C 8天) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture |
| 体外高糖处理 | 葡萄糖浓度梯度(具体浓度未全部列出,但图3显示剂量和时间依赖),甘露醇浓度作为渗透压对照 阅读提示:Results: 图3; Materials and Methods: Cell culture |
| 荧光素酶报告实验 | 野生型和突变型NLRP3 3'UTR序列,miR-10a/b mimic或antagomir浓度,共转染比例 阅读提示:Materials and Methods: Luciferase |
| 细胞基因敲除 | sgRNA序列(已在文中列出),CRISPR-Cas9载体,转染和筛选条件 阅读提示:Materials and Methods: Gene knockout in cells |
| 动物模型 | STZ注射剂量(50 mg/kg)和方案(连续5天),高脂饮食(60%脂肪),db/db小鼠品系和年龄(8周) 阅读提示:Materials and Methods: Animal model |
| 体内基因递送 | 慢病毒注射时间(STZ前1周或后6周),注射体积(100 μL)和滴度(1×10^5 TU/μL) 阅读提示:Materials and Methods: Gene delivery |
| 肾损伤和炎症评估 | 肾脏组织取材时间(STZ后12周),免疫组化抗体浓度(文中未明确说明,需查阅原文),流式抗体克隆号 阅读提示:Materials and Methods: Histology, Immunohistochemistry; Flow cytometry |