病毒复制与细胞毒性评估
比较不同H5N1分离株和季节性H1N1在hCOs中的复制能力和诱导细胞死亡的能力。
将hCOs接种病毒,在1-7 dpi每日收集上清液进行病毒滴定(MDCK细胞终点稀释)和LDH细胞毒性检测,并在7 dpi进行免疫组化检测病毒NP抗原。
Contemporary Highly Pathogenic Avian Influenza (H5N1) Viruses Retain Neurotropism in Human Cerebral Organoids
包含体外模型(hCOs)的实验,测定了病毒复制、细胞嗜性、细胞毒性、细胞因子和单细胞转录组,但缺乏动物模型或患者样本等多层级验证。
人脑类器官(hCOs)
hCOs来源:ATCC-1023诱导多能干细胞系(ATCC,#KYOU-DXR0109B) 接种剂量:1000 TCID50/孔,6孔板,3个重复 病毒株:bOH2024、mMT2024(2.3.4.4b分支)、VN2004(1分支)、BR2007(季节性H1N1) 检测时间点:1-7 dpi 细胞嗜性:神经元(MAP2+)和星形胶质细胞(GFAP+)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较不同H5N1分离株和季节性H1N1在hCOs中的复制能力和诱导细胞死亡的能力。
将hCOs接种病毒,在1-7 dpi每日收集上清液进行病毒滴定(MDCK细胞终点稀释)和LDH细胞毒性检测,并在7 dpi进行免疫组化检测病毒NP抗原。
确定病毒感染的细胞类型(神经元、星形胶质细胞、神经祖细胞)。
对感染hCOs进行免疫荧光检测,使用MAP2(神经元)、GFAP(星形胶质细胞)、PAX6(神经祖细胞)标记物,并与病毒NP共定位(在连续切片上观察)。
在单细胞水平解析感染hCOs的宿主反应,特别是干扰素和炎症通路。
对感染和模拟感染的hCOs进行scRNA-seq,比对到人和病毒参考基因组,鉴定细胞类型,分析病毒载量、干扰素反应和差异表达通路。
定量检测感染hCOs释放的促炎细胞因子和趋化因子,评估炎症反应。
使用Luminex试剂盒检测17种细胞因子/趋化因子在培养上清液中的浓度,从0到7 dpi。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | STEMCELL Technologies脑类器官基础培养基 | STEMCELL Technologies | -- |
| 补充剂E | -- | -- | |
| 病毒滴定 | 最低必需培养基(MEM) | -- | -- |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 非必需氨基酸 | -- | -- | |
| HEPES | -- | -- | |
| TPCK-胰蛋白酶 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 胎牛血清(FBS) | -- | -- |
| 细胞系 | MDCK细胞 | ATCC | -- |
| hCO生成 | 人诱导多能干细胞系 | ATCC | KYOU-DXR0109B |
| 病毒滴定 | 96孔板 | -- | -- |
| 细胞毒性检测 | LDH-Glo细胞毒性检测试剂盒 | Promega | -- |
| 细胞因子检测 | Luminex Discovery检测人类预混多因子试剂盒 | R&D Systems | LXSAHM |
| Bioplex Luminex 200仪器 | Bio-Rad | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| hCO培养和感染 | hCOs来源、年龄(6-8个月)、接种剂量(1000 TCID50/孔)、培养基、摇床转速(65 rpm)、温度和CO2浓度(37°C, 5% CO2)、重复数(3孔) 阅读提示:见Methods 'Cerebral Organoid Generation, Culture, and Infection' |
| 病毒滴定 | MDCK细胞、感染培养基成分、稀释倍数(10倍)、孵育时间(3天)、血凝试验判定 阅读提示:见Methods 'Virus Titrations' |
| 细胞毒性检测 | LDH释放检测方法、读数时间点、LDH标准曲线 阅读提示:见Methods 'Cytotoxicity assay' |
| 细胞嗜性分析 | 抗体标记物(PAX6, MAP2, GFAP)、病毒NP抗体、抗原修复方法、连续切片操作 阅读提示:见Methods 'Immunofluorescence and Immunohistochemistry'及Supplementary Data |
| 单细胞转录组 | scRNA-seq文库制备方法、比对策略(人与病毒参考)、过滤标准(>20%病毒reads排除)、聚类分析参数 阅读提示:见Methods 'Single-Cell RNA Sequencing'及Supplementary Data |
| 细胞因子检测 | Luminex试剂盒、检测的分析物、样本处理、读取时间窗口 阅读提示:见Methods 'Cytokine Analysis' |