2023年肯尼亚沿海地区急性胃肠炎暴发期间通过下一代测序鉴定的人腺病毒多物种共循环

背景：虽然已知存在7种人腺病毒（HAdV）物种，但仅F（40型和41型）和G被确定为腹泻病病原体。其他HAdV物种在腹泻病中的作用仍不清楚，其流行率数据有限。我们描述了肯尼亚沿海地区住院腹泻儿童中的HAdV物种和类型。方法：在2022年6月至2023年8月期间，从年龄小于13岁的儿童中收集了329份粪便样本，使用定量聚合酶链反应（qPCR）筛查HAdV。阳性HAdV病例通过RespiCoV panel的腺病毒引物进行扩增、下一代测序和系统发育分析进行基因分型。结果：65份样本（20%）检测为HAdV阳性，其中鉴定出5种HAdV物种。除HAdV F外，其他物种包括A、B、C和D；这些被检测为单一检测或共感染。NGS鉴定的6个HAdV F被我们的qPCR分型方法漏检。这似乎是由于长纤维蛋白中133个核苷酸的缺失，导致引物和探针结合位点丧失。根据VESIKARI评分对腹泻疾病严重程度进行分级，93%的HAdV病例表现为严重疾病。一名感染HAdV F的儿童死亡。结论：我们的研究显示了肯尼亚沿海地区腹泻儿童中HAdV物种的巨大多样性和临床特征。这些数据为改进当前的诊断检测方法和增加对非洲HAdV的了解以控制未来暴发提供了机会。