叶绿体基因组组装工具的系统比较

背景：叶绿体是使植物能够进行光合作用的细胞内细胞器。它们通过原核细胞被真核宿主细胞共生整合而产生，并且仍然含有带有独特基因组信息的自身基因组。质体基因组包含必需基因，并经常用于生物技术或系统发育学。已经开发了能够评估质体基因组的不同组装器。这些组装器通常使用全基因组测序实验的数据，这些数据通常包含完整叶绿体基因组的读数。结果：不同组装工具的性能从未被系统比较过。在这里，我们提出了对七个叶绿体组装工具的基准测试，这些工具能够在超过60%的已知真实数据集中成功。我们的结果显示，测试的组装器在生成完整叶绿体基因组序列和计算需求方面存在显著差异。对来自未知质体基因组的物种的105个数据集的检查导致组装了20个新的叶绿体基因组。结论：我们为每个测试工具创建了docker镜像，这些镜像免费提供给科学界，并确保分析的可重复性。这些容器允许使用标准计算基础设施对叶绿体基因组数据集进行分析和筛选。因此，对基因组测序数据中的叶绿体进行大规模筛选是可行的。