UUO早期YAP激活检测
确定UUO后肾小管YAP是否早期激活
对小鼠进行UUO或假手术,6小时后收集肾脏,通过Western blot、免疫荧光和实时PCR检测YAP磷酸化、核定位及靶基因表达。
Activation of the YAP/KLF5 transcriptional cascade in renal tubular cells aggravates kidney injury
包含多种体内模型(UUO、顺铂、Mst1/2 dKO)和体外实验(细胞培养、RNA-seq、ChIP、荧光素酶报告),并进行了功能验证(Yap缺失/敲低)和机制验证(YAP结合Klf5启动子)。
小鼠UUO模型 小鼠顺铂诱导的急性肾损伤模型 Mst1/2 dKO小鼠模型 HK-2、IMCD3和HEK293T细胞系
UUO手术6小时和7天时间点 顺铂剂量20 mg/kg腹腔注射,观察72小时 Yap杂合或条件敲除(Yap tuHet、Yap ptKO) KLF5抑制剂ML264剂量25 mg/kg,每12小时注射 YAP/TEAD结合位点(Klf5启动子-2888/-2567)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定UUO后肾小管YAP是否早期激活
对小鼠进行UUO或假手术,6小时后收集肾脏,通过Western blot、免疫荧光和实时PCR检测YAP磷酸化、核定位及靶基因表达。
验证Yap部分缺失是否能缓解UUO诱导的早期炎症
使用Yap tuHet小鼠进行UUO 6小时,通过实时PCR检测Yap、YAP靶基因、炎症因子、增殖基因和损伤标志物的表达。
确定近端小管YAP缺失是否减轻UUO诱导的纤维化和炎症
使用他莫昔芬诱导的近端小管特异性Yap敲除(ptKO)小鼠进行UUO 7天,通过免疫荧光、免疫印迹、实时PCR、Masson染色和Ki67染色评估炎症、纤维化和增殖。
评估YAP缺失对顺铂诱导的急性肾损伤的保护作用
对ptKO小鼠注射顺铂(20 mg/kg)72小时,检测血清肌酐、BUN、尿NGAL、肾损伤标志物、炎症因子、增殖和凋亡。
验证YAP是否直接促进Klf5转录
在HK-2、IMCD3和HEK293T细胞中过表达或敲低/敲除YAP,通过RNA-seq、实时PCR、ChIP和荧光素酶报告基因检测Klf5表达和启动子活性。
在体内验证YAP调控Klf5,并确定KLF5是否介导YAP的有害效应
检测Mst1/2 dKO、Mst1/2/Yap tKO和UUO肾脏中Klf5及其靶基因的表达;用ML264抑制KLF5活性,观察肾小管损伤、增殖和炎症的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 顺铂 | Sigma-Aldrich | -- |
| ML264 | -- | HY-19994 | |
| 细胞培养 | HK-2细胞 | ATCC | CRL-2190 |
| IMCD3细胞 | ATCC | CRL-2123 | |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| siRNA转染 | 乱序siRNA对照 | Ambion | AM4613 |
| 基因敲除 | PX459载体 | Addgene | 62988 |
| 蛋白检测 | 抗KLF5抗体 | Abcam | 137676 |
| 抗YAP抗体 | Cell Signaling Technology | 14074 | |
| 免疫荧光 | 抗Ki67抗体 | Novus Biologicals | NB110-89717 |
| 抗megalin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-16478 | |
| 抗THP抗体 | R&D Systems | MAB5175 | |
| 抗AQP2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9882 | |
| 免疫组化 | UltraSensitive S-P试剂盒 | MXB Biotechnologies | KIT-9710 |
| TUNEL检测 | TUNEL试剂盒 | Beyotime Biotech | C1088 |
| RNA提取 | Illustra RNAspin Mini试剂盒 | GE Healthcare | 25-0500-71 |
| 逆转录 | PrimeScript RT试剂盒 | TAKARA | -- |
| 实时PCR | SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| ABI Prism 7900序列检测系统 | PE Biosystems | -- | |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| ChIP | 酶法染色质IP试剂盒(磁珠) | Cell Signaling Technology | 9005 |
| 荧光素酶报告基因检测 | 双荧光素酶报告检测试剂盒 | Promega | E1910 |
| 免疫沉淀 | 蛋白G/A琼脂糖珠 | Pierce Biotechnology | -- |
| 细胞培养 | 胶原酶 | Sigma | C0130 |
| 透明质酸酶 | Sigma | H3506-1G | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 表皮生长因子 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| UUO模型 | 手术时间点(6小时,7天)、小鼠品系和性别、Yap基因型(Yap tuHet、ptKO)、麻醉方法等 阅读提示:Materials and methods (Mice, UUO) 和 Figure legends 1-3 |
| 顺铂诱导AKI模型 | 顺铂剂量(20 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、处理时间(72小时)、小鼠基因型(ptKO) 阅读提示:Materials and methods (Mice) 和 Figure 4 legend |
| Mst1/2 dKO模型 | 小鼠周龄(7周)、ML264剂量(25 mg/kg)、注射频率(每12小时)、处理时间(5次注射后6小时)、对照处理(DMSO) 阅读提示:Materials and methods (Mice) 和 Figure 7 legend |
| 细胞实验 | 细胞系(HK-2、IMCD3、HEK293T)、转染方法(电转或脂质体)、Yap质粒浓度、siRNA序列、CRISPR gRNA序列、培养条件(血清浓度、时间点) 阅读提示:Materials and methods (Cell culture, transfection, siRNA, CRISPR-Cas9) 和 Figure 5 legend |
| ChIP-qPCR | 抗体(anti-YAP)、引物序列(-2888/-2567)、使用的肾脏组织(髓质)、对照(IgG) 阅读提示:Materials and methods (ChIP-qPCR) 和 Figure 5F legend |
| 荧光素酶报告基因 | 报告质粒(Klf5(0.83kb)-Luc)、转染细胞(IMCD3、HEK293T)、共转染Yap或caYap量、TEADi、检测时间(46小时) 阅读提示:Materials and methods (Luciferase assay) 和 Figure 5G-I legend |