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这个R包不太冷系列三:一种“简单代码+简单调整=即刻出图”的包

人阅读 发布时间:2021-04-13 09:53

 

R语言是统计分析、绘图和统计编程的强大工具,是一个开源的软件平台。

R包是由社区开发(developed by the community)的功能(functions)和数据集(data sets)的集合。它们通过改进现有的基本 R功能或通过添加新功能来提升R的效率。运用R语言的编写新代码或调整已有代码可轻松实现可视化数据呈现与图形绘制的要求。因此,R包可更加清晰且直观地反映生物科学研究中的结果,不仅是论文中科学规律揭示的可视化保证,更可以促进生物科学研究中心的学术交流。

 

前言
 

之前小鹿已经介绍了许多用于绘图的R包,但大多数都是基于ggplot2绘制。由于ggplot2是通过图层添加逐步成图,这对于很多人来说需要耗费较多的时间去进行系统学习。因此,今天,小鹿就给大家安利一款“包如其名”的R包—PerformanceAnalytics,简简单单就能让你的图Performance。

PerformanceAnalytics包起初用于量化绩效指标和可视化,例如资产分布和收益比较,主要应用于商业数据分析,但其凭借相关性图成功出圈,如下图:

接下来小编就通过几种图片揭开它的面纱~

 

安装与加载:

install.packages("PerformanceAnalytics")library(PerformanceAnalytics)

 

2、直方图
 

data(edhec) #加载数据基础款:chart.Histogram(edhec[,'Equity Market Neutral'])

升级款

 

chart.Histogram(edhec[,'Equity Market Neutral'],element.color = "darkgreen",main = "Title of the plot",colorset ="lightblue",xlab = "xx",methods = c("add.density", "add.rug"))

 

由这张图不难看出每个参数的功能,相较于ggplot2来说,代码更加简洁明了。

 

3、箱线图

 

data(edhec)#加载数据chart.Boxplot(edhec,colorset = "pink",symbol.color = "red",element.color = "darkgreen",main = "Title of the plot",col="lightblue",xlab = "",as.Tufte=FALSE)

 

当然也可以更改绘图模式,比如:

chart.Boxplot(edhec,plot.engine == "plotly")

 

鼠标放上去还可以显示数据信息。

 

3、相关性图★★★

 

data(managers) #加载数据chart.Correlation(managers[,1:8], histogram=TRUE, pch="+")

 

图片说明:

1、对角线为样本自身表达量分布图;

2、下三角形(对角线的左下方),给出了两个样本表达值的散点图,红色曲线为拟合趋势,斜率越大两样本间相关性越强;

3、上三角形(对角线的右上方),数字表示两个样本的相关性值,*表示显著程度(* p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001)。

简单代码+简单调整,就可即刻出图,真的是“包如其名”PerformanceAnalytics好看的图只需简单的代码就可实现。R语言深受众多科研学者的青睐,主要有资源丰富、免费开源和容易获得相关分析代码等因素。R语言在科研中的应用普及也对于推动科研研究成为开放科学(open science)起到积极作用。

 

结语

 

小鹿今天主要介绍了源于商业数据分析的R包PerformanceAnalytics,让大家一行代码就能轻松出图,这个包还有更多的功能,感兴趣的可以深入探索。

易明学院16节手把手0基础实操课教您get更多R语言技能~~
 

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END

文章来源于鹿明生物

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