喜报 | 百奥益康 BestopCloud 生信云平台登陆 BMC Genomics 国际权威

近日，百奥益康自主研发的BestopCloud单细胞生物信息分析云平台登陆国际权威期刊 BMC Genomics。百奥益康刘杰博士和凡知医学宋克清博士为通讯作者，百奥益康潘如飞、李超、石菲菲、王盼飞为文章共同第一作者。

BestopCloud是一个功能全面、操作便捷的在线分析平台。该平台由九大模块组成，支持各模块内多种参数设置，可生成高质量的图表文件。BestopCloud 为研究人员提供了 scRNA-seq 数据处理、分析与可视化的深度解决方案。

 

 

 

一、直击行业痛点，破解分析难题

 

 

目前单细胞RNA测序数据分析工具面临的几大难题：

 

1.技术门槛高：多数工具依赖 R 语言环境配置，非编程背景的科研人员只能 “望数兴叹”；

 

2.工具碎片化：数据可视化、细胞注释、差异分析等功能分散在不同平台，来回切换不仅耗时，还易导致数据丢失；

 

3.在线可用性差：部分工具需本地安装，受硬件算力限制，处理大规模数据时常常 “卡壳”。

 

4.可视化局限：部分工具缺少多基因共表达、拷贝数变异等高级图形，难以解析基因组变异对异质性的影响。

 

而 BestopCloud 的出现，恰好精准攻克了这些痛点。作为基于 R Shiny 构建的在线平台，它无需安装任何软件，只需通过浏览器访问（ ），即可凭借全流程分析能力，从原始数据处理到结果深度解读无缝衔接，全面弥补了传统工具在技术门槛、功能整合、在线可用性及可视化能力上的不足。

 

 

 

二、九大核心模块，覆盖分析全流程

 

 

BestopCloud 整合了单细胞 RNA 测序数据分析的全流程，涵盖九大核心模块，功能全面且强大：

 

1.数据处理：依托 Seurat 包，对原始矩阵数据进行质量控制、标准化、高变基因识别、PCA 降维及聚类等操作，还支持自定义过滤参数，满足个性化数据处理需求。

 

2.数据整合：采用 Harmony 算法，有效校正批次效应，同时尽可能保留样本的生物学异质性，助力多样本联合分析。

 

3.数据可视化：分为 “Overview” 和 “Marker” 两大板块。“Overview” 板块可通过 UMAP 图展示细胞 UMI 表达、样本属性等数据信息，用堆叠条形图呈现特定属性细胞的比例；“Marker” 板块则以特征图和小提琴图展示目标基因在细胞中的表达模式，并提供对应统计表格。

 

4.SingleR 细胞类型注释：SingleR 需选择目标物种和参考数据集进行注释，适用于人和小鼠。

 

5.ScType 细胞类型注释：ScType 无物种限制，但需上传基于先验知识构建的marker基因文件，可精准识别细胞类型及亚型。

 

6.差异表达分析：借助 Seurat 包的相关函数，支持不同细胞群间的基因差异表达分析，还能自定义分组信息，聚焦关键研究方向。

 

7.富集分析：整合 Metascape、NASQAR 和 g:Profiler 三大在线工具，开展 GO 和 KEGG 通路分析，深入挖掘差异表达基因的生物学意义。

 

8.细胞通讯分析：基于 CellChat，可选择对应物种和细胞亚群，分析细胞间的相互作用及关键信号通路，助力解析细胞通讯网络。

 

9.拷贝数变异分析：采用 CopyKat 的整合贝叶斯方法，精准推断单个细胞的拷贝数变异状态，为肿瘤细胞异质性研究提供重要支持。

这些模块既可以独立使用，又能通过数据流灵活关联，例如细胞类型注释后的数据分析结果可直接传递至可视化模块，极大提升了分析的灵活性与效率。

 

注：文章撰写的时候为九大模块，目前已做了更新，新增了 “GSEA分析”、“轨迹分析”、“文件格式转换”模块，功能更加丰富。

 

 

 

三、优势突出，助力科研新突破

 

 

相较于现有分析工具，BestopCloud 的优势十分显著：

 

1. 功能全面

平台一次性集成 scRNA-seq 分析的全部关键环节：数据预处理、整合、可视化、细胞类型注释、差异表达、功能富集、细胞间通讯及拷贝数分析。BestopCloud 真正实现“从原始数据到深度解读”的一站式闭环，免除频繁切换工具的麻烦，显著提升效率。

 

2. 操作友好

基于直观网页界面与交互设计，零编程基础的研究者也能快速上手。平台内置详细教程与示例数据，一次上传即可在后续模块间无缝流转，避免反复上传下载。避免了一些工具仍需本地 R 环境及计算资源的要求，对使用者技能要求较高。

 

3. 在线可达

纯浏览器访问，无需安装任何软件或插件，跨设备共享与分析数据极为便捷。而当前一些工具仅能本地部署，在线协作与数据分享受限。

 

4. 算法先进

底层整合 Seurat、Harmony、SingleR、ScType 等主流算法包，在保证分析准确性与可靠性的同时，用户却无需关心代码细节。

 

5. 多用户与可扩展

针对 R Shiny 多用户并发瓶颈，我们已通过代码优化、promises/future 异步任务、Docker+ShinyProxy 集群部署三管齐下，实现多人同时流畅使用。平台采用标准化模块化设计并预留扩展接口，新算法经格式封装即可快速嵌入，确保 BestopCloud 随单细胞领域的技术进步持续迭代，始终立于前沿。

 

 

 

 

四、持续优化，未来可期

 

 

未来，百奥益康将通过优化算法、增加计算资源、采用并行计算等方式，进一步提升平台处理效率。同时，平台采用标准化模块化框架和扩展接口，将持续整合单细胞 RNA 测序分析领域的新方法、新工具，不断丰富平台功能，为科研人员提供更全面、更先进的数据分析解决方案。

 

BestopCloud 云平台的推出，为单细胞 RNA 测序数据分析领域注入了新活力。相信在它的助力下，更多科研人员将突破技术限制，在生命科学研究中取得更多新发现、新成果！

 

参考文献：Pan, R., Li, C., Shi, F. et al. BestopCloud: an integrated one-stop solution for single-cell RNA sequencing data analysis. BMC Genomics 26, 905 (2025).