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重磅!英国顶级专业期刊《核酸研究》发表史上最强翻译组学数据库

人阅读 发布时间:2019-09-02 16:03

11月3日,英国Oxford出版社核心生物期刊Nucleic Acids Research(《核酸研究》,最新影响因子10.162)发表了承启生物联合创始人张弓等共同完成的基于云计算分析平台的TranslatomeDB数据库。

文章标题为:“Translatome DB:a comprehensive database and cloud-based analysis platform for translatome sequencing data”。


作为核酸领域的顶级期刊,Nucleic Acids Research素来以严苛著称,在其上发表的论文在国内常被作为标志性成果。此次张弓教授等重要数据库TranslatomeDB的发表,不仅表明翻译组学研究在国际生物研究领域的领先型与创新性,更为翻译组学研究的科研专家们提供了极为强大的科研利器!

当前,翻译组学的两大主要研究手段是为正在翻译中的mRNA测序(RNC-seq)和核糖体印记测序(Ribo-seq),然而这两种实验方法都极其困难,成本也十分高昂,鲜有完整的翻译组学数据可供科研人员参考。

虽然此前也存在少数Ribo-seq数据库,但其并不包含RNC-seq数据,也不包含所对应的mRNA-seq数据,因此十分局限。例如,Ribo-seq并不适合指导蛋白质组的研究。

此外,目前已存在的各种组学数据库,基本不具备数据分析功能,而一般的生物学或医学工作者根本没有能力去分析海量的测序数据。好不容易找到了几个不同研究中的数据,却发现他们的分析流程完全不同,数据没法整合分析。

此次Nucleic Acids Research发表的TranslatomeDB正是针对上述问题而开发,具有重要的里程碑意义!

TranslatomeDB是目前最全的翻译组学数据库,它共包含13个物种的2453个核糖体印记测序,10个RNC-mRNA测序, 1394个mRNA测序数据集,共计3857个数据集,几乎将NCBI中所有的翻译组相关数据集一网打尽,不管是从数据集的数量还是涵盖的物种类型来看,均可轻松秒杀其他同类型数据库!

TranslatomeDB的用户体验也十分良好,各种数据集信息,包括物种、细胞株、培养条件、测序策略等在TranslatomeDB均可轻松浏览、检索,可为科研工作者节省大量精力与成本。

与以往数据库仅仅提供数据的增删查改不同, TranslatomeDB除了拥有强大的数据集,还具备十分全面的分析功能。 

TranslatomeDB使用FANSe算法对所有的测序数据集进行统一的mapping和定量。由于其极高的准确度、容错性和实验可验证性,同一物种不同研究的数据尽管仪器不同、测序设置不同,但都可以放到一起来比较。基于此,用户可以任意比较两个数据集的差异表达情况,在转录组层面和翻译组层面分析的基因表达差异。当然,作为翻译组学专业数据库,使用TranslatomeDB还可以计算出每个基因的翻译起始效率(以TR表征)和翻译延伸速率(以EVI表征)。

更厉害的是,TranslatomeDB还允许用户上传自己的测序数据集(包括RNC-seq,Ribo-seq和相应的mRNA-seq),和数据库中已收录的大量数据进行统一分析,简单快捷、傻瓜式操作,无需占用任何本地计算资源,也不需要用户具备高深的生物信息学技能。这背后,是强大的FANSe第三代算法(比FANSe2快30倍),以及商业化的承启生物云分析平台提供支撑,每天能分析数万个此类数据集。现在,他们将这么强大的能力免费贡献出来,供全世界的科学家使用。

TranslatomeDB数据库一经发表便得到了Nucleic Acids Research编辑的高度赞赏,审稿过程也极为顺利。一位审稿人对TranslatomeDB的审稿评价就一句话:“ I believe this resource will be very useful for many scientists”(我相信这个资源将对许多科学家非常有用)! (生物谷 bioon.com)

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