质粒作为基因工程的“货车”，其应用几乎涵盖了现代生物技术的所有领域，包括基因克隆与扩增、重组蛋白表达与生产、基因功能研究、基因治疗与疫苗开发、基因组编辑以及合成生物学。质粒的分类方式多种多样，以下是按功能和应用分类。
1.克隆载体
目的：主要用于复制和扩增外源DNA片段。
特性：通常具有高拷贝数、方便的多克隆位点和高效的蓝白斑筛选系统，以确保插入片段能被高效、准确地复制和筛选。
例如：pUC系列、pBluescript系列。
2.表达载体
目的：不仅携带外源基因，还能驱动其在宿主细胞中转录和翻译，最终生产蛋白质。
特性：除了克隆载体的基本元件外，还必须包含：强启动子如T7、lac、trc等，用于高效启动转录；核糖体结合位点确保mRNA能被高效翻译；转录终止子确保正确结束转录。
表达载体进一步又分为原核表达载体和真核表达载体，原核表达载体主要用于在细菌（如E. coli）中表达蛋白。真核表达载体主要用于在酵母、昆虫或哺乳动物细胞中表达蛋白，通常包含真核启动子（如CMV）、poly(A)加尾信号等。
3.干扰沉默载体
目的：是一种通过持续表达shRNA来激活细胞内源性RNAi机制，从而实现长期、特异性基因沉默的强大分子工具。
特性：特异性基因沉默在基因功能研究、药物靶点发现和疾病机理探讨等领域具有不可替代的作用。
4.基因编辑载体
目的：作为一个“特洛伊木马”，将基因编辑 machinery 高效、特异性地送入目标细胞或生物体，从而实现对基因组特定位置的定向改造
特性：可以实现基因精准替换、基因敲入和基因敲除等功能。应用于细胞功能研究和基因治疗领域。
5.穿梭载体
目的：能在两种或多种不同类型的宿主细胞（如大肠杆菌和酵母）中复制和存在。
特性：包含两套复制起点和选择性标记，一套适用于一种宿主（如细菌），另一套适用于另一种宿主（如真核细胞）。这便于先在易于操作的细菌中完成克隆和扩增，再转入最终的目标宿主中进行研究或表达。
6.报告基因载体
目的：利用报告基因质粒研究启动子活性、miRNA靶向作用等。
特性：将待研究的调控序列克隆到报告基因（如荧光蛋白GFP、荧光素酶Luc、β-半乳糖苷酶LacZ）的上游。通过检测报告蛋白的活性，即可间接反映该调控元件的强弱。
7.病毒工具载体
目的：用于基因治疗、疫苗开发或真核细胞中的基因递送。
特性：通常基于病毒（如慢病毒、腺相关病毒AAV）的基因组改造而成，保留了病毒感染细胞的效率，但删除了致病基因。它们可以将目的基因高效地导入哺乳动物细胞，并能实现瞬时表达或稳定整合到宿主基因组中。