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一招解决DNA Marker条带扭曲分不开

人阅读 发布时间:2019-12-05 16:35

 

 

经常做分子实验的同学都知道,核酸染料可以和核酸分子(DNA、RNA,本文以DNA为例)相结合,在激发光的照射下发出荧光。核酸电泳就是利用这个原理通过核酸染料来指示DNA片段的大小和大致的浓度。

不同的核酸染料的分子结构不同,与DNA结合的方式也不同,如果在电泳前结合的话会对电泳产生不同程度的影响。这一期,小编就为大家厘清不同染料之间的区别。


下图是东盛生物的Marker1用两种不同的染料染色后(胶染法,即制胶时加入染料,预染法的一种)的电泳图

从上图可以看出染料的用量和染料的种类都会影响DNA条带的形状和分离情况。

 


关于核酸染料对电泳的影响已经引起了很多科研人员的重视,如2018年的一篇文章《核酸染料GeneGreen可影响DNA琼脂糖凝胶电泳条带的质量》阐述了一种新型核酸染料对DNA电泳的影响远大于传统核酸染料溴化乙锭(EB)。


该文主要验证了胶染法和后染法(电泳后置于染液中染色)对DNA条带的不同影响,主要实验内容如下:


结果:在含1×GeneGreen的琼脂糖凝胶中,3种DNA Marker的较大条带均不单一,呈“拖尾”现象;而最小的Marker条带单一,无扭曲和拖尾”(图1A)。在含1×溴化乙锭的琼脂糖凝胶中,3种DNA Marker的条带均呈现单一的条带(图1B)。


结果:在含2×GeneGreen的琼脂糖凝胶中,3种DNA Marker较大相对分子质量的条带均不单一,而较小相对分子质量的条带无扭曲和“拖尾”,但总体质量较1×核酸染料的凝胶好;而在2×溴化乙锭的琼脂糖凝胶中,3种DNA  Marker的条带均呈现单一的条带,与1×溴化乙锭的琼脂糖凝胶中的条带质量无明显差异(图2)。


结果:采用核酸电泳后琼脂糖凝胶染色的方式,1×GeneGreen(图3A)和1×溴化乙锭(图3B)两种核酸染料的琼脂糖凝胶中均可以见条带单一、无扭曲的DNA条带。(图中后染法的染色效果不太好,但其实后染法也可以把条带染得很清晰。)

 

除了GeneGreen外,其他新型核酸染料如GelRed、GelGreen、以及SYBR系列等染料均会影响DNA的迁移。

 

原因在于核酸染料通过静电作用结合DNA后改变了DNA的空间结构,DNA携带的负电荷减少,分子量增大,使DNA分子在琼脂糖凝胶中的相互作用力发生了改变。其运动特点就与未结合染料的DNA分子不同了。


EB结合DNA的方式是直接嵌入碱基对之间,对DNA的空间结构影响不大,因此对DNA的迁移影响也不大。

 

出于安全考虑,新型核酸染料的分子结构都大于EB,以使其不能穿透细胞膜进入人体细胞。

 

这些新型染料与较短DNA分子结合后,电泳过程中不会出现DNA条带扭曲或“拖尾”现象;而在与较长DNA分子结合后,能够影响DNA条带的形态。

 

现在我们明白了染料对核酸电泳的影响,关于怎样避免新型染料的这种干扰,有以下建议:

  1. 采用后染法进行染色

  2. 选择质量好、干扰小的核酸染料

  3. 选用与染料配套的DNA Marker

 

由于不同厂家的DNA Marker生产工艺不同,与不同核酸染料的搭配效果也可能不同。在使用东盛DNA Marker时如果出现了条带异常的现象,请及时向我们反馈。技术支持邮箱technique@dongshengbio.com。

 

大家使用预染法时,可依据染料类型选购东盛生物经典DNA Marker或LD系列DNA Marker。


 

如使用东盛生物DSRed或其他新型无毒核酸染料,请搭配LD DNA Marker;

 

如使用EB或Goldview类核酸染料,请搭配经典DNA Marker

 

特别提醒,市场上核酸染料名称繁杂,质量参差不齐,不能强求所有染料染色的Marker都有良好效果哦~


 




 

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