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PCRMs:基因组中预测的顺式调节模块和组成转录因子结合位点的数据库

发布时间:2022-05-11 15:58 |  点击次数:

       顺式调节模块 (CRM),例如增强子、启动子、消音器和绝缘子,由短 DNA 序列簇组成,转录因子(TF)与CRM中转录因子结合位点(TFBS)结合以调节许多生物过程中靶基因的表达。原则上,CRM 中 TFBS 的变异会影响同源 TF 的亲和力,导致组织中特定细胞类型的染色质修饰和靶基因表达发生变化,最终导致复杂性状的多样性,包括对常见复杂疾病的易感性。

       PCRMs数据库目前包含人类和小鼠基因组中准确预测的 CRM和组成TFBS的最完整集合。https://cci-bioinfo.uncc.edu/
 

      


l  Browse Database
 


选择物种人或者小鼠,选择感兴趣的染色体,最后选择P值,点击“Search”进行搜索,结果页面如下:
 


点击“CRM ID”可以展示CRM的详细信息:
 


 


l  Functional Analysis
 


       该模块包括3种分析:(1) 基因最接近的CRM、 (2) 基因周围给定基因组范围内的CRM、 (3) 给定TF的CRM中的 TFBS