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R&D Systems作为全球免疫学和细胞生物学产品的领跑者,1976年创立于美国明尼苏达州,至今已为学术界服务近40年。其母公司Bio-Techne(原Techne公司)于1983年在美国NASDAQ上市。目前,R&D Systems拥有近30,000种产品,95%以上由自己研发生产。其产品包括细胞因子、ELISA试剂盒、生长因子、趋化因子、抗体、Animal-Free™蛋白、Luminex 液相芯片、多因子检测固相芯片、流式细胞分析与细胞筛选、干细胞及细胞培养等;覆盖肿瘤、发育、糖生物、内分泌、免疫、神经学、蛋白酶、信号传导等学科研究领域;且每年有近2,000种新产品不断问世,以满足不同科研工作者的研究需要。2007年,R&D Systems China在中国成立,是R&D Systems在中国的全资子公司,全面负责在中国及东南亚地区的技术、销售及售后服务。2011年2月,R&D Systems China的子公司---R&D Systems Hong Kong Ltd.在香港注册并开始运营,负责香港及东南亚地区的营销活动。同年,R&D Systems China与芬兰Medix Biochemica在大中华地区强强合作,开始进军IVD原料供应市场。2011年4月,R&D Systems母公司Bio-Techne,收购了Boston Biochem及Tocris两大强势品牌。Boston Biochem是全球领先的泛素、相关修饰蛋白及通路研究产品专业的开发者和制造者,目前有超过800种的泛素相关产品。Tocris总部位于英国,目前提供超过3000种包括GPCR配体、神经递质、离子通路和信号抑制物等在内的化学小分子和多肽等生命科学研究试剂。 2014年,全球知名抗体生产商Novus,生命科学仪器制造商Protein Sample,中国知名蛋白生产商Primegene(普欣)都陆续加入了Bio-Techne的大家族。
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详细解读如何看懂Addgene质粒图谱

人阅读 发布时间:2017-10-30 13:57

在各种各样的会议、调查和推特上,Addgene反复听到来自用户的反馈:“请改进你们的质粒图谱”。经过深思熟虑的设计、考察和调整,Addgene 很高兴地宣布,我们的“质粒序列展示”现在由GSL生物公司的SnapGene软件来支持。在SnapGene的序列查看软件和丰富特征库的支持下,新质粒序列展示的解释现在更加简单,并且分析更加一目了然。

为了方便快速了解具体有哪些改进,请查看下面的示例。我们的旧版图谱在左侧,而SnapGene提供的图谱在右侧。请继续阅读,了解我们已经实现的改进,以及如何使您更容易找到所需的质粒。我们在初始发布后将持续关注和改进图谱,敬请期待更多的更新。

         

Addgene上SnapGene质粒图谱的概述

以下三个因素使我们的SnapGene质粒图谱更便于浏览。这些实用而有效的更改将使您能够快速找到具有所需功能的质粒。

1) SnapGene的特征库- SnapGene的软件无缝地识别各种常见的质粒特征,例如:抗生素的耐药基因,筛选标记,启动子,起始子,标签,和某些开放阅读框。他们复杂的检测算法可以很容易地识别质粒特征,并且可以区别仅仅相差几个核苷酸的质粒,例如,荧光蛋白EGFP和mEGFP。

2) 对特征、酶和引物进行清晰的注解---新图谱上直接标注了大多数的特征,使其更容易被识别。

3) 提升限制行内切酶的可操作性---SnapGene软件在图谱上更好地对限制内切酶在质粒上的精确位置进行了标注。可以被检测到的内切酶数量比我们以前的绘图软件中的多5倍。现在更包括通常用于Golden Gate克隆或CRISPR gRNA克隆的IIS型限制酶。


有了这个更多功能的图谱,你就可以更早的开始考虑下一次的克隆实验了。      
 
  
除了这些简单而强大的展示方面的改进,当您单击任何质粒图谱时,您也可以下载静态的图像文件(PNG,见上文)供您参考或直接粘贴到您的笔记本中。这将使您更容易与同事共享质粒信息,或者当您不使用计算机时向实验室成员解释质粒特性。

图谱、序列和可下载的gb &DNA文件
 
 一旦你确定了一个想更深入了解的质粒,我们升级后的序列分析软件将方便你深入细节的去了解。点击“查看所有序列”按钮,你可以发现来自质粒原始提供者和Addgene自己的测序结果的可用序列信息:


在这里你可以下载一个有注释的GenBank序列文件或SnapGene序列文件。然后,你可以在你选择的序列查看器中分析序列。如果原始提供者提供了一个自定义注释的GenBank文件,则可以在主质粒页上的“Resource Information”部分找到该文件。

分析你的质粒序列
想进行更直接、更高层次的分析,你可以直接点击“序列分析”按钮,打开一个由SnapGene提供的交互式的质粒图谱,并获取额外的提示信息和序列分析标签,包括以下内容:

1. Maps

这是你点击“分析序列”按钮后的第一个标签。这里所呈现的图谱保留了上面讨论的静态地图中的所有特性,但也具有交互功能。您现在可以停留在任何特征,酶,引物,或ORF上,以了解更多有关质粒的信息。例如,如果你停在氨苄青霉素抗性基因上,你会发现基因的全名,基因产物的名称,以及它功能的描述。您还可以单击质粒中的一个位置,然后再单击第二个位置,即可选择两个位置之间的序列,并将其发送到剪贴板以便进行复制和粘贴功能。



2. Sequence

类似于质粒图谱,这里的线性序列现在也是交互式的,并在特征上可以做类似的停留。与map选项卡一样,单击线性序列中的两个独立的位置,即可选择两个位置之间的序列,并将其发送到剪贴板以进行复制和粘贴功能。

 

 
3. Restriction Enzymes
在这里你会找到一个可以切割给定序列的限制酶的列表。该表包括:酶的名称,酶切的位置(碱基对),及酶切的总次数。使用右边的过滤器可以查找单、双和3个酶切的酶。还可以通过单击列头将酶进行排序。点击特定的限制酶也会在“map”和“序列”选项卡中突出显示它。
 

 

4. Features
这里列出的表列出了序列中检测到的质粒共同特征。表格中包括特征的名称、位置、大小、在图谱上表示它们的颜色、方向(如果相关)和类型。列出的类型是GenBank标准版本的特征类型。点击这里的某个特性也可以在“map”和“序列”选项卡中突出显示该特征。
 

 

5. Primers
此表包含一个在给定核苷酸序列中检测到的常用引物的列表。表格中包括引物的名称、序列、结合位点、长度和方向。点击一个特定的引物将在“图谱”和“序列”标签中突出显示。
 

 

6. BLAST

通过使用NCBI网站上的局部序列比对基本检索工具(BLAST)来确定一个给定的序列与核苷酸(BLASTN)或蛋白质(BLASTX)序列数据库之间的相似性(同源性)。此外,使用BLAST2对自定义序列和一个给定的序列进行比对。


我们希望这些升级将便于您更容易地浏览质粒存储库,并快速识别您下一次实验所需的质粒和特性。我们想向提出改版建议的您(我们的科学家们),以及向SnapGene和为实现这些改进作出不懈努力的Addgene软件开发团队表示谢意。您可以在blog.addgene.org下发表评论,以便我们及时了解您对于这些升级的想法,并可随时查看我们为进一步提高图谱显示和功能所做的其它努力。
 

本文内容来自Addgene网站:

http://blog.addgene.org/improved-plasmid-maps-powered-by-snapgene?utm_source=July+2017-Newsletter&utm_campaign=Addgene+Newsletter+July+2017&utm_medium=email

 


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