微生物宏转录组学
产品简介
微生物宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，不需对环境中微生物进行分离培养，而是通过提取环境中整个微生物群落的总 DNA，利用 Illumina HiSeq 或者最新的 MiSeq 测序仪进行高通量测序，并进行生物信息学分析，来研究微生物与环境、与宿主相互之间的关系，它摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制。与传统的方法相比，二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，能够显著加快宏基因组学研究的进程，并且在鉴定低丰度的微生物群落及种类，挖掘更多基因资源方面具有非常大的优势，完全能够满足常规微生物群体的物种分类研究、群落结构、系统进化、功能注释，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络等分析。通过深度挖掘具有应用价值的基因资源，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
信息分析
(1) 测序数据基本处理：
I 去除接头序列及低质量 Reads；
II 去宿主污染（需提供宿主参考序列）。
(2) 基因组组装：
I 组装和组装结果统计；
IIContigs 长度分布统计；
III 组装 Reads 利用率统计；
IVKmer 统计与 GC-depth 分析；
(3) 物种分类及功能注释：
I 选取 Contig ≥ 200bp（或者 500bp）进行 ORF（基因）预测；
IIORF（基因）长度分布统计；
IIIORF（基因）KEGG 注释；
IVORF（基因）GO 注释；
VORF（基因）eggNOG 注释；
VIORF（基因）Swiss-Prot 注释；
VIIORF（基因）病原与宿主互作数据库（PHI）注释
VIII 每个 ORF（基因）的相对丰度计算（样品数 ≥ 2）；
IX 前噬菌体比对分析。
(4) 样本复杂度分析（样品数 ≥ 5）：
I 微生物物种分类注释；
IIAlpha 多样性分析；
IIIBeta 多样性分析（n ≥ 2）；
IV 主成分 PCA 分析（n ≥ 5）；
V 主坐标分析 PCoA（n ≥ 5）；
VI 不同样品物种组成聚类分析（n ≥ 3）。
(5) 个性化分析。
样品要求
(1) 样品类型：基因组 DNA；
(2) 样品需求量：≥ 0.5 μg；
(3) 样品浓度：≥ 30 ng/μl；