免疫荧光分析模块 TissueQuest
TissueQuest 是一款可以用于组织切片或细胞涂片成像及分析的软件，分析的流程和结果与流式细胞仪相似。最终的细胞散点图中每个细胞可赋予 18 种参数，可以根据阴性对照设置 cut-off 值以确定阴阳细胞比例，也提供圈选功能确定亚细胞群体。数字化玻片上的细胞及其相关数据通过正反向回溯功能变得更加直观化。也有特殊的 TMA 和 FISH 样本的分析模块。
该软件支持 TG 扫描器扫描的玻片分析，但是同时也支持市面上大多数来源于显微镜的玻片扫描器扫描的多种格式的图片。
在基于细胞的荧光染色分析领域上处于领先地位
TissueQuest 是针对组织切片或细胞涂片染色切片进行分析的软件。TissueQuest 分析软件简单易用，但是是一个高端的分析技术，可分析的标记物的数量理论上是无限的。
该软件的优势之一是蛋白质共表达的精确分析
该项是测量 Ki-67 的定量表达和计算表皮细胞上阳性细胞百分比，利用 TG 分析软件中手动画图工具实现。然而，在此项目中一个 Ki-67 共定位分析和盘状球蛋白的应用取代了手动画图圈定区域。分析由设置 DAPI 通道的 TG 高效核分离运算开始。核膜，细胞质的或者膜测量可以在其他通道中被设定。
盘状球蛋白通道的膜被设定根据细胞质的测量。该方法，根据标记物表皮的角化细胞层被重新建立。盘状球蛋白中的高表达阳性细胞在表皮组织能够被特异性的找到根据反向回溯影相。
FACS 数据展示
TG 分析软件的优势是 FACS 数据和样本图像中被分离的物体的管理方法的实施。通过自动生成的点状图，可以得到 Ki-67 表皮阳性细胞的测量数据。图中，盘状球蛋白对 Ki-67 的平均强度，利用自动计算两个标记物阳性的阴阳线被设定。TG 分析软件都具有该功能。2 级界限会展现 Ki-67 和盘状球蛋白的阳性在点状图的右上象限。
荧光 TMA
Hella 细胞三重染色
荧光分析计算非常迅速。在 57.7 秒中 Hella 细胞三重染色被分析。
主要特点
完整的新用户界面能够实行可缩放数字玻片
感兴趣及非感兴趣的区域的圈选、注释，在数字化的玻片上圈选，可以达到更高的精确度和更简单的分析
多核计算机的应用增强了计算速度
FISH 和其它「细胞中的点」数据如 mRNA, 病理数据陈列等结果可输出到 excel 表中
从 Mirax 和 Pannoramica 输入扫描的图像，然后利用 TissueQuest 分析
相同类型的样本分析，应用分析模板可以再次调用并重新设置
应用计算参数测量比例和百分数测量参数在强度染色
三种可选数据输出方式
能够实现不同切片数据的叠加对比分析
应用图像可以实现相同组织区域的不同标记物的对比分析
选取颜色和图像轮廓厚度可调
TMA 的快速分析及复合结果输出
TG FISH 工作流程
针对所有 FISH，CISH 和点状结构分析，TG 拥有专门的工作流程。任意点的大小都可以通过面积、染色强度和标记物阳性分析。常规 FISH 分析通过 Z 轴叠加和焦距扩展实现。然后经由 TissueQuest 或者 StrataQuest 软件分析。
点状分析的算法简单且灵活，它根据染色物的数量和确定分析的通道。然后系统会自动运行。
模块
TG 的软件模块可以被定制以满足不同用户的需要。最新的版本为 TissueQuest 4.0. TG 共有 6 大模块：
模块 1-组织学
模块 2-细胞核计数
模块 3-细胞与细胞质
模块 4-诊断
模块 5-升级版诊断
模块 6-TMA
● 模块 1-组织学模块
该入门级模块支持输入不同滤片得到的原始荧光灰度图像，画定感兴趣区域得到样品中染色面积。同样可以作为标注工具。得到数据的直方图，结果以 Excel 或 PDF 格式输出。可以单独或者与其它模块一起使用。
● 模块 2-细胞核计数
与组织学模块相似的是，细胞核计数模块可以得到被染色核的数量以及其它分析参数，像细胞核的面积和染色强度。
● 模块 3-细胞与细胞质
该模块增加了更多细胞结构方面的分析：胞浆标记物的 ring mask 与 cell mask 可以通过升级的运算法则得到。数据同样可以根据散点图呈现。
● 模块 4-诊断
该模块可以实现细胞核和胞质室的虚拟通道比较然后可以输出报告。可以进行图表比较。度量尺与标量可以利用在样品测量。
● 模块 5-Diagnostics Xtended
该模块可以应用 cut off 值分离图表中阳性和阴性群组。通过正反向回溯，散点图和直方图与图像可以更好的分析。特殊扫描器得到的图像一样可以被应用并且可以通过示例查看器进行比较。手动修正工具可以应用在确定的细胞核与特殊的区域内。快速 ROI 工具可以更快范围更大的得到感兴趣区域与标释。
● 模块 6-TMA
TG 融合的工作流程
数据显示，管理与输出
工作流程易于使用（数据自动显示，输出等）
样品观测器
可以对样品进行拖拽或者倍数放大
批量处理
TG 模块的批量处理
RNA 分析
单个细胞的确定
选取细胞染色类型
单个细胞通过独特的染色类型被确定。类型可选。对于细胞分离专门主通道被应用确定细胞核。
不同的膜选项和定量分析
细胞核与细胞质都可以进行染色强度的分析。用特殊的运算方法寻找并分析胞浆抗原。
数据的呈现
被确定的细胞会以散点图的形式显示，包括表面积/DNA 和染色强度。类似流式细胞仪，以个点代表一个细胞。
需更更详细分析时，cutoff 参数根据阴性背景被确定。根据圈选设定需要分析的参数。
任意数据图上cutoff 线都可以被应用在其它任意散点图中。颜色和形状都可以重新调节。
高效分析
计算的参数包括平均强度，相对／绝对阳性细胞数目，表达细胞的比例
数据输出以表格的格式并显示四个象限区间。之前的版本中类型不能被修改通过调节参数。
正反向回溯
TissueQuest 提供新型数字化测量功能
世界首创的数据与影响正反向回溯功能，利用正向回溯功能，研究者可查看影像中细胞在散点图中的位置；利用反向追踪功能，研究者可以用分子标记物找出感兴趣的细胞群之后反推其在组织切片中的细胞分布，并观察结构特征，完美结合分子标记资讯与组织结构，在帮助研究者快速定位分化干细胞等稀有细胞亚群的研究中有独特的优势。
数字化应用
组织样本中免疫荧光标记的特殊的细胞或者细胞族群利用不同的参数进行单独的分析，例如细胞表面表达或者细胞内分子。
TissueQuest 能够实现多种应用。以下是一些分析方法：
单个细胞
组织中单个细胞
单个环状结构细胞
群簇中单个细胞
细胞质
特点
TissueQuest 不仅可以分析 TissueFAXS 扫描的图像还可以对其它格式的图像进行分析
依据核染色可以通过图像确定组织中单个细胞
在强度测量中自动产生 cell body
手动修改工具的设定
点阵图与图像的正反向回溯功能
能够产生无上限数量的点阵图与直方图
可选的数据输出报告
