食道鳞癌与CNV
研究背景
食管癌是人类常见的恶性肿瘤之一，在我国和全球所有恶性肿瘤死亡率中分别排在第四位和第六位。我国食管癌发病率和死亡率均居世界首位。食管癌病程进展快，预后差，5年生存率仅为10%左右。目前，食管癌发生和发展的机制尚不明了，临床治疗缺乏特异性的分子靶点和有效的治疗药物。
研究内容
本研究对158例食管癌样本进行了分析，其中17例样本采用了全基因组测序，71例采用全外显子组测序，这些样本中的53例，以及剩下的70例样本采用了Agilent aGCH芯片进行检测。研究发现了8个与食管鳞癌发生相关的重要的基因突变，其中六个是众所周知的肿瘤相关基因（TP53，RB1，CDKN2A，PIK3CA，NOTCH1，NFE2L2），以及两个从未在食管鳞癌中被报道的基因（ADAM29和FAM135B）。值得注意的是，FAM135B可以促进食管癌恶性表型，因此被鉴定为一种新的肿瘤相关基因。此外，研究还获得了重要的食管鳞癌拷贝数变异数据，发现1325个基因位于43个显著扩增区域，229个基因位于15个缺失区域。其中，染色体11q13.3-13.4区域扩增事件已被报道与多种癌症相关。
而且研究发现位于该区域存在一个miRNA，miR548K，并首次报道其与食管鳞癌的恶性表型的形成显著相关。研究还发现重要组蛋白调节基因MLL2、 ASH1L、 MLL3、SETD1B 和CREBBP/EP300在食管鳞癌中呈现频繁非沉默突变；对潜在治疗靶点进行分析，发现PI3K是食管鳞癌突变频率最高的潜在药靶，并发现PSMD2、 RARRES1、 SRC、GSK3β和SGK3等潜在新药靶。
研究人员整合了所有基因突变和基因拷贝变异数据，确定了与食管鳞癌发生发展相关的重要信号通路，包括Wnt、cell cycle、Notch、RTK-Ras和AKT通路。
结果展示：
1.食管鳞癌的突变基因
2.FAM135B促进食管癌恶性表型
3.食管鳞癌的CNV概览以及miR548K的功能鉴定
4.与食管鳞癌发生发展相关的重要信号通路
原文出处
Song, Y., Li, L., Ou, Y., Gao, Z., Li, E., Li, X., Zhang, W., Wang, J., Xu, L., Zhou, Y., et al. (2014). Identification of genomic alterations in oesophageal squamous cell cancer. Nature 509, 91-95.