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人MHC捕获测序FAQ

   2013-10-29
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Q1: 一般定制芯片需要多久?是否可以备货?
A1: 需要订购,定制周期约1个半月。


Q2: 有相关文章发表吗?
A2: 暂时没有。但是在2011年11月28日发表了题为 “Roche NimbleGen and BGI Develop Advanced MHC Region Capture Technology for Human Disease and Biomedical Research” 的新闻。目前已经有很多大型科研机构与我们合作。

Q3: 主要应用领域有哪些?
A3: 与HLA变异相关的自身免疫病及多种复杂疾病、癌症等的研究;HLA精准分型-器官移植配型检;疫苗、药物等的靶向人群筛选;亲子鉴定和法医学;种族进化等。

 

Q4:MHC捕获测序一般推荐多少深度测序?

A4:目前,我们一般推荐至少做80X以上。

 

Q5:我们的MHC捕获测序技术的coverage能达到多少?

A5:coverage可以达到97%以上。

 

Q6:BGI的分型准确率可以达到什么水平?

A6:分型至少可以达到四位数水平,主要依赖于现有数据库里的型别。分型准确率可以达到95%以上。

 

Q7:目前可以做哪些基因的HLA分型?

A7:可以做26个基因的HLA分型,包含A, B, C, DRB1, DQB1, DPA1, DPB1, DQA1, G, DMA, DMB, DOA, DOB, DRA, E, F, H, J, K, MICA, MICB, P, TAP1, TAP2,V, L。


Q8: 人MHC测序和人免疫组库测序有什么区别?
A8: 第一,对象不同,一个是研究MHC区域,此区域和多数疾病的易感性相关,包括甲状腺癌、瘢痕瘤、开角型青光眼、自闭症、贫血症、风湿性关节炎、小儿哮喘、男性不育等各类复杂疾病及癌症),另外与移植排斥反应、种族进化、习惯性流产等关系密切;而免疫组库是研究T细胞受体α、β和B细胞受体H、L链的互补决定区(CDR)的基因多样性,研究表明免疫系统多样性与疾病关系密切。

 

Q9: 人MHC捕获测序与其它研究方法相比有什么优势?
A9:BGI和Nimblegen联合研发:测试结果与基因分型SNPs一致率高达99.42%,覆盖度达到99.79%。

首次全面覆盖MHC区域:总共4.97Mb,包含传统MHC区域3.37Mb及1.6Mb侧翼序列,并加入了8个单体型信息(PGF、APD、COX、DBB、MANN、MCF、QBL、SSTO)。

市场上成功针对MHC区域研发的芯片,更有效的应用于疾病研究等:首次成功实现了对常规扩增及定制芯片等方法无法得到的高重复区域的高覆盖及有效富集。

个性化信息分析方案制定:对于有特殊信息分析要求的客户,能根据客户需求制定个性化信息分析方案,信息分析团队会安排专人跟进,确保客户需求得到满足。

 

编辑: gaowei2010    来源:丁香园

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