流式细胞仪检测到的荧光强度是没有单位的,由于光电倍增管电压的高低能够直接影响检测值,所以我们把检测值跟空白的比值称之为「相对荧光强度」。荧光抗体做细胞表型分析,FL1、FL2、FL3 等一般都用的是对数(LOG) 模式放大,那我们是如何观察和理解数据分析的呢?
根据研究目的和表达差异来确定,如果样本间表达量相差甚大,那么通过百分比 Gate% 或者 Total% 就能清晰表现出来,当然了,平均荧光强度,即 Mean 值也更能表现出来。但是如果样本间表达的百分比差异不明显,仅在荧光强度上有明显差异,那么采用平均荧光强度这一组数据便可清晰表现出来。
在我们分析数据过程中,通常都会看到 Mean/GeoMean/Median,这三个均是表示荧光强度,如下图所示,那么这三者之间又有什么差别呢?
如果数据分析在线性(Lin)模式呈正态分布的,那么建议使用平均荧光强度,即 Mean 值,所有细胞的荧光强度相加,再除以 N,N=细胞数。如果数据分析在对数(Log)模式下呈正态分布,那么建议使用几何平均数,即 GeoMean,所有细胞的荧光强度相乘,再进行 N 次开方,N=细胞数。而另外一个 Median,则是指中位数,是对所有细胞的荧光强度进行排序,位于 50% 处的荧光强度值。
题图来源:shutterstock 正版图库
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