PFGE中内切酶的选用至关重要,所采用的内切酶常为寡切点酶(low frequency cleavagerestric-tionendoucleases),这种酶切后的片段少而大,适合于作PFGE电泳。McCllelland等通过对细菌的PFGE电泳图谱的内切酶的选择研究发现,四核苷酸CTAG在许多GC含量>45%的细菌染色体中是很少见的,在他们所试验的16个细菌的染色体中,被1个或多个可识别CTAG位点的内切酶酶切,每100000bps中不到一次,这些酶的识别序列分别为:XbaⅠ(TCTAGA),SepⅠ(ACTAGT),AvrⅡ(CCTAGG)和NheⅠ(GCTAGC)。同样地,在许多含G+C<45%的基因组,CCG和CGG更少。这样用SmaⅠ(CCCGGGG)、R srⅡ(CGGWCGG)、NaeⅠ(GCCGGC)和SacⅡ(CCGCGG)进行酶切,对产生平均超过100000bps片段是非常合适的。